全基因组测序技术在菲律宾三级医疗中心医护人员COVID-19聚集性疫情调查中的应用：感染防控的新视角

本研究通过全基因组测序(WGS)技术，对菲律宾马卡蒂医疗中心2022年9月发生的医护人员(HCWs)COVID-19聚集性疫情进行回溯性调查。研究人员结合流行病学数据和系统发育分析，成功鉴定出BA.5.2和BA.5.10.1两个SARS-CoV-2亚谱系传播簇，揭示了医疗机构内潜在的病毒传播路径。该研究为资源有限地区开展基因组监测提供了实践范例，证实了WGS在完善感染预防控制(IPC)策略中的关键价值。

　　

在全球COVID-19大流行的背景下，医疗机构内的SARS-CoV-2传播始终是感染防控的重点难点。医护人员(HCWs)作为高风险群体，其感染不仅影响医疗系统运转，更可能成为院内传播的放大器。尽管全基因组测序(WGS)技术在高收入国家已广泛应用于疫情调查，但在资源有限地区仍面临实施障碍。这项由菲律宾马卡蒂医疗中心与美国疾控中心合作开展的研究，为理解中低收入国家医疗机构内病毒传播模式提供了重要数据。

研究团队针对2022年9月菲律宾马卡蒂医疗中心外科病房发生的19例医护人员感染集群，采用多学科方法展开调查。通过回顾性分析8月1日至9月30日期间采集的51份呼吸道标本（包括8例集群病例、14例同科室其他病例、21例其他科室病例及8例住院患者），结合流行病学调查与基因组测序技术，揭示了传统流行病学方法难以发现的传播链条。

关键技术方法包括：1) 使用RT-PCR（逆转录聚合酶链反应）对Ct值≤32的标本进行确认；2) 通过Illumina Miseq v3平台进行全基因组测序；3) 采用Nextstrain和Pangolin进行系统发育分析和谱系分型；4) 结合流行病学数据定义传播亚簇（同一谱系、14天内发病、存在流行病学关联）。标本来源涵盖医护人员和住院患者队列。

流行病学调查结果
初始调查发现19例外科病房医护人员在9月2-9日期间确诊，主要症状为咳嗽(93%)、发热(71%)和咽痛(71%)。71%病例报告有工作场所暴露史，57%为护士，29%为医师。所有受访者均完成至少2剂COVID-19疫苗接种。

基因组分析结果
对51份标本的WGS分析鉴定出12种SARS-CoV-2谱系，主要包括BA.5.2(41%)、BA.5.10.1(24%)和CM(16%)谱系。通过整合时空与基因组数据，确定两个传播亚簇：

• 亚簇A（BA.5.2谱系，6例）：83%为外科病房医护人员，症状出现在8月4-24日
• 亚簇B（BA.5.10.1谱系，7例）：100%为外科病房医护人员，症状出现在8月22日-9月5日

系统发育分析
补充菲律宾公开基因组数据的系统发育树显示，医疗机构的BA.5.10.1序列与社区流行株存在明显差异。配对位点替换分析发现亚簇B中4例医护人员具有高度基因组相似性（0-2个核苷酸差异），支持院内传播假说。

讨论与意义
这项研究首次系统报道了WGS在菲律宾医疗机构疫情调查中的应用，具有三重重要意义：

1. 技术验证：在资源有限条件下完成从标本采集到数据分析的全流程，Ct值21.5±5.9的标本成功测序率达86%，证实中低收入国家实施WGS的可行性；
2. 传播溯源：发现传统调查未能识别的BA.5.10.1谱系传播链，其中1例无明确暴露史的护士经基因组分析被确认为潜在传播节点；
3. 防控优化：33天的结果回报周期虽限制实时干预，但为后续改进样本采集、数据整合和IPC培训提供了框架。

研究同时指出当前局限：被动监测设计可能导致病例遗漏；Ct值波动影响序列质量；以及资源限制对快速响应的制约。作者建议通过建立区域合作网络、培训本地技术人员、优化实验室流程等方式提升中低收入国家基因组监测能力。

该成果发表于《Clinical Infectious Diseases》，为全球医疗感染防控提供了重要案例。特别是在Omicron变异株流行期间，研究证实即使在高疫苗接种率（马尼拉90%）背景下，医疗机构仍可能发生特定谱系的局部传播。这些发现强化了将基因组监测纳入常规感染控制的必要性，也为应对未来新发传染病疫情积累了技术经验。