基于三组分箱技术的家猫与非洲薮猫近无间隙染色体级基因组组装及演化意义

【字体: 时间:2025年07月03日 来源:Journal of Heredity 3.0

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  来自国际研究团队通过三组分箱(trio-binning)技术,首次对家猫(Felis silvestris catus)与非洲薮猫(Leptailurus serval)F1代杂交个体进行基因组解析,成功构建了两种物种的染色体级近无间隙基因组(contig N50达107.4Mb/112.3Mb),填补了薮猫参考基因组空白,并揭示FA-SAT巨卫星阵列在细胞周期调控中的潜在功能,为哺乳动物复杂基因组架构研究提供关键资源。

  

萨凡纳猫作为家猫与非洲薮猫(亲本物种分化约1300万年)的远缘杂交品种,其基因组蕴含独特的演化信息。研究团队创新性采用三组分箱(trio-binning)策略,结合PacBio HiFi(高保真)和CLR(长读长)测序数据,成功构建家猫与薮猫的高质量基因组——两者组装规模均达2.5Gb,超过99%序列锚定至19条染色体,碱基质量值(QV)>61。其中薮猫基因组为全球首例,而家猫新组装相比既往长读长版本新增36Mb序列,首次解析了具有细胞周期调控潜能的FA-SAT巨卫星(multi-megabase macrosatellite)重复阵列。该成果不仅完善了猫科动物基因组资源库,更为哺乳动物卫星DNA演化及复杂基因组三维结构研究开辟了新视角。

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