DMSO对DNA构象与力学特性的渐进式影响:单分子技术揭示溶剂效应的分子机制

【字体: 时间:2025年07月03日 来源:Biophysical Journal

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  为阐明二甲基亚砜(DMSO)在DNA相关实验中的潜在影响,研究人员通过磁镊(magnetic tweezers)力-拉伸测量、扭转实验及原子力显微镜(AFM)成像,发现≤20% DMSO浓度下DNA弯曲持久长度线性降低(0.43±0.02)%/%-DMSO,螺旋扭转基本稳定,更高浓度则引发轻微解旋。该研究为生物物理/生化实验中DMSO的使用提供了关键基准。

  

在生命科学实验中,二甲基亚砜(DMSO)因其优异的溶剂性能被广泛应用于药物递送、荧光染料溶解和DNA处理反应中。然而,尽管已知DMSO会降低DNA熔解温度(melting temperature),其在亚熔解温度下对DNA构象和力学特性的影响仍不明确。这一知识空白可能影响众多依赖DMSO的生化检测结果准确性,例如荧光标记效率或酶切反应动力学。

为系统解析这一问题,研究人员采用多尺度实验与计算模拟相结合的策略。通过磁镊技术(magnetic tweezers)测量DNA在0-60% DMSO环境中的力-拉伸曲线,发现20%浓度范围内DNA的弯曲持久长度(bending persistence length)呈线性下降,降幅达(0.43±0.02)%每百分比DMSO。同步进行的扭转实验表明,DMSO显著降低DNA熔解所需扭矩(melting torque),但≤20%浓度时双螺旋的扭转角(helical twist)保持稳定,更高浓度(如50%)才会引发轻微解旋。原子力显微镜(AFM)成像进一步显示,DMSO使DNA末端距平方均值(mean squared end-to-end distance)以1.2%/%-DMSO的速率系统性减小,证实其诱导DNA构象适度压缩。

为解释这些现象,研究者建立粗粒化蒙特卡洛(Monte Carlo)模型,将DNA模拟为含可变柔性片段的半柔性聚合物。该模型成功量化局部柔性缺陷(对应DMSO诱导的局部熔解或结构扰动)对整体力学行为的影响,与实验数据趋势一致。

研究结论指出,≤20% DMSO对DNA结构的影响相对有限,但超过此阈值可能显著改变其力学响应。这一发现为优化含DMSO的实验体系(如单分子操作、核酸杂交等)提供定量参考,尤其提示高浓度DMSO可能通过降低持久长度和促进解旋干扰DNA-蛋白质相互作用。论文发表于《Biophysical Journal》,其建立的"局部缺陷-整体力学"关联模型为理解溶剂-生物大分子互作开辟新思路。

(注:全文基于假设文档为完整论文摘要,实际解读需以完整论文为准。作者单位信息未在提供文本中体现。)

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