SARS-CoV-2奥密克戎亚变体在犬与主人间的家庭内传播：基因组证据与跨物种传播动态

（编辑推荐）本研究通过纵向追踪47个COVID-19家庭，首次证实奥密克戎亚型（BA.1.1/BA.2.3.4/BA.5.1.1）可从人类传播至犬类（RT-qPCR阳性率5.4%），但病毒载量显著低于人类且未分离到活病毒。关键发现包括：宠物猫感染率较前奥密克戎时期降低（PRNT50阳性率7.4% vs 35.7%），雄性犬感染风险是雌性的5.74倍，且家庭内未发现动物间或反向传播证据。

　　

ABSTRACT
监测SARS-CoV-2新变体在动物中的跨种传播潜力对公共卫生至关重要。2022年1-7月奥密克戎流行期间，对德克萨斯州47个COVID-19家庭的纵向研究发现：68%的人类成员（43户）至少一次检测到病毒RNA，95.5%存在抗体。犬类是唯一RT-qPCR阳性动物（3/55），其病毒载量显著低于同居人类（P=0.009），且未能分离到活病毒。全基因组测序揭示BA.1.1、BA.2.3.4和BA.5.1.1亚型在人类-犬-食盆形成家庭内传播链，但无证据表明犬类存在继发传播。11只犬（20%）和2只猫（7.7%）检出中和抗体，且宠物感染与临床症状无显著关联。

IMPORTANCE
伴侣动物通过密切接触感染SARS-CoV-2的风险已被实验和自然感染证实。本研究通过三阶段采样（首次采样平均在人类诊断后2.22天）揭示：尽管30.2%的家庭存在宠物暴露，但猫感染率较前奥密克戎时期显著下降（Fisher检验P=0.005），提示变异株可能改变跨种传播效率。

INTRODUCTION
SARS-CoV-2的动物宿主范围广泛，早期研究证实猫狗易感性。奥密克戎的出现引发对变异株宿主适应性的新关注——实验显示该变异株在犬猫中复制能力减弱，但自然传播数据匮乏。本研究通过系统采样揭示家庭内真实传播模式。

RESULTS

General results
共纳入105名人类和100只动物，包括55只犬（平均年龄6.7岁）和27只猫（6.4岁）。三阶段采样显示人类病毒载量随诊断后天数递减（P<0.001），而犬类阳性样本Ct值始终>32.5。

Detection of SARS-CoV-2
犬类仅在呼吸道样本检出病毒（5.4%阳性率），且阳性家庭中其他宠物均保持阴性。值得注意的是，某家庭食盆样本与人类病毒基因组100%匹配，宏基因组分析显示其含有人犬混合线粒体DNA。

Whole genome sequencing
系统发育分析证实三户家庭存在人-犬同源传播：

• HH 9A家庭：BA.1.1变异株在人与犬间无核苷酸差异
• HH 21A家庭：BA.2.3.4变异株跨物种传播
• HH 46A家庭：BA.5.1.1变异株在食盆中检出，但该家庭某成员后期样本出现6个SNP，提示可能再感染

Limited seropositivity
中和抗体动态显示：
• 7/11血清阳性犬存在延迟血清转化（第三采样期才检出）
• 仅1只RT-qPCR阳性犬后续产生PRNT₅₀抗体
• 猫抗体阳性率较前奥密克戎时期降低5倍

Survey and odds of infection
逻辑回归模型显示：

• 诊断后每延迟1天采样，犬感染几率增加2.55倍（95%CI:1.40-6.16）
• 雄性犬感染风险是雌性的5.74倍（95%CI:1.25-34.14）
• 人工喂药行为可能降低感染风险（OR=0.37, P=0.09）

DISCUSSION
与早期变异株相比，奥密克戎在宠物中呈现"低感染-低传播"特征：

1. 病毒学证据：犬类病毒载量平均比人类低1-2个数量级，且所有样本病毒分离失败
2. 流行病学证据：阳性犬家庭未出现二次传播，与实验条件下犬-犬传播能力矛盾
3. 免疫学特征：猫血清阳性率骤降可能反映奥密克戎S蛋白与猫ACE2结合效率改变

研究局限性包括样本量较小（仅3只阳性犬），但创新性地通过食盆样本佐证环境传播链。建议持续监测新变异株的跨种传播潜力，尤其关注F486P等影响宿主范围的刺突蛋白突变。