全基因组关联分析定位与挖掘小麦氮高效基因

　　

摘要：

挖掘小麦氮高效的种质和基因资源，揭示其分子机制和遗传效应，是当前小麦氮效率研究的重要内容和目标。本研究以255份不同小麦品种组成的自然群体为试验材料，对每个品种1叶1心幼苗分别进行低氮(low nitrogen, LN, 0.05 mmol L^-1 NO₃^-)和充足供氮(sufficient nitrogen, SN, 1.00 mmol L^-1 NO₃^-) 2个水培条件处理，培养28 d后，在低氮和充足供氮处理下测定17个表型指标，通过对55K SNP芯片进行质控过滤筛选出38,215个高质量单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNPs)位点,结合FarmCPU、MLM以及MLM+Q+K模型进行全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)。该群体在LN和SN水平下17个表型指标比值(LS, LN/SN)的频率分布均呈正态分布，对17个LS指标进行全基因组关联分析，共检测到1161个显著位点(P≤0.001)，发现有103个标记至少在2个模型中同时被检测到，有8个SNP至少关联了4个性状，其中AX-110548993(3B)和AX-111802919(4D)为新位点。2个新位点上下游5 Mb范围区间内含有267个候选基因，其中位于4D染色体上的SNP AX-111802919包括3个直接参与或调控氮吸收转运的候选基因：TraesCS4D02G361500编码硝酸盐转运蛋白(NRT1.1)，TraesCS4D02G362100编码锌指蛋白CONSTANS-LIKE 1，TraesCS4D02G362800编码1个GATA转录因子蛋白。