六种华蜗牛属物种转录组从头组装揭示淡水螺科(Semisulcospiridae)的进化与生态适应机制

本研究针对淡水螺科(Semisulcospiridae)基因组资源匮乏的现状，通过RNA-seq技术对华蜗牛属(Hua)6个物种进行转录组从头组装，获得平均contig长度716.6-883.3bp、转录本数量14.7-26.9万的完整数据集。研究采用Trinity组装和BUSCO评估，注释到超1.8万BLAST同源基因及1.7万GO条目，首次为东亚特有淡水螺类提供多组学资源，对解析其系统发育、环境适应及寄生虫宿主机制具有重要价值。

　　

在淡水生态系统中，Semisulcospiridae科螺类作为关键底栖生物和寄生虫中间宿主，其生态重要性与其有限的基因组资源形成鲜明对比。该科90余种物种中，东亚特有种占60%以上，其中华蜗牛属(Hua)29个物种因独特生殖器官（卵生沟/产卵器）成为分类学焦点。然而，现有研究依赖COI、16S等单基因标记，导致系统发育关系争议——例如卵胎生的Semisulcospiria属在COI分析中竟呈现并系群，这与生殖模式分类明显矛盾。更严峻的是，这些中国特有物种正面临人类活动威胁，急需分子标记支持保护生物学研究。

厦门大学环境与生态学院联合海南大学团队在《Scientific Data》发表突破性研究，首次完成华蜗牛属6物种（含3未描述种）转录组从头组装。研究采集云南、贵州流域样本（表1），通过Trinity组装获得N50达979-1,386bp的转录本，BUSCO评估显示完整度59.1%-84.0%。关键发现包括：注释到29,884个Swiss-Prot同源基因（Hua sp.3）和24,433个KEGG通路（H. wujiangensis），成功组装COI(1,515-1,536bp)等13个线粒体基因（表5），为淡水螺科比较基因组学建立新标准。

技术方法上，研究采用DNBSEQ-T7平台进行150bp双端测序，fastp过滤低质量 reads后，用CD-HIT去除95%相似度冗余序列。功能注释通过Trinotate整合DIAMOND blastx、hmmscan等工具，覆盖GO、KEGG、Pfam等多数据库。物种鉴定结合形态学（图1）与线粒体基因比对（COI同源性87.35-99.48%，表2），确保数据可靠性。

数据记录
原始数据存入NCBI（PRJNA1160414），包含SRR32814904等6个SRA编号。组装结果在Figshare公开，涵盖Trinity输出、BUSCO评估及线粒体基因注释。

技术验证
样本RNA完整性（RIN 7.4-8.5，表3）与测序质量（Q35 reads>95%）达标。线粒体基因注释揭示Hua sp.2的COI与已知种同源性仅87.35%（表2），支持其新种地位。BUSCO分析显示4,666个保守基因中978个为六物种共有，为比较研究提供核心数据集。

转录组注释
GO注释显示代谢过程（17,649条）、细胞组分（18,503条）占主导（图3）。KEGG注释突出信号转导（15,594条）和免疫通路，暗示环境响应机制。特别在H. wujiangensis中检出10,753个Pfam结构域，为解析其清洁水域适应性提供分子靶点。

该研究首次构建华蜗牛属多物种转录组资源，解决Semisulcospiridae科"基因标记不足"的核心瓶颈。数据不仅支持物种界定（如Hua sp.3的16S同源性99.47%但COI差异>11%），更通过KEGG注释揭示潜在环境适应通路。研究者强调，这些资源将推动寄生虫宿主转换（如Paragonimus westermani）、淡水生态毒理学等跨学科研究，为东亚特有生物多样性保护提供分子基石。