2022年卡拉奇登革热疫情中病毒血清型动态变化与遗传变异研究揭示DENV-1基因型III的本地流行

本研究针对巴基斯坦卡拉奇地区2022年登革热疫情，通过C-prM基因区测序和系统发育分析，首次揭示DENV-1(78.33%)取代传统优势血清型DENV-2成为主要流行株，并鉴定出基因型III的持续传播特征。研究人员采用Sanger测序技术对152例临床样本进行基因分型，发现DENV-3呈现最高遗传变异度，其特有的A30V等氨基酸突变可能影响病毒致病性。该成果为登革热区域防控策略制定提供了关键分子流行病学依据。

　　

登革热作为全球增长最快的虫媒传染病，每年导致约3.9亿人感染。在巴基斯坦这个登革热流行区，自1994年报告首例病例后，卡拉奇地区已成为疫情热点。然而，病毒血清型的动态变化规律尚未明确，特别是缺乏对病毒基因组关键区域变异的系统性研究。这种认知空白严重制约了精准防控策略的制定，尤其在气候变化加剧蚊媒孳生的背景下显得尤为迫切。

来自卡拉奇大学国际化学与生物科学研究中心的研究团队，针对2022年卡拉奇登革热疫情开展分子流行病学研究。通过采集152例NS1阳性血清样本，采用逆转录PCR扩增C-prM基因区（511bp），结合Sanger测序和最大似然法（Maximum Likelihood）构建系统发育树，揭示了当地病毒株的遗传特征和进化关系。

关键技术方法
研究团队从当地医院获取152例经NS1检测阳性的临床样本（2022年4-8月），使用QIAamp Viral RNA Mini Kit提取病毒RNA，经随机六聚体引物反转录后，采用通用引物D1/D2扩增C-prM区。PCR产物经磁珠纯化后，使用BigDye Terminator v3.1试剂盒进行Sanger测序，最终通过Mega11软件进行系统发育分析和氨基酸变异检测。

性别与年龄分布
研究显示男性感染率（58%）显著高于女性，21-30岁青年群体构成主要感染人群（平均年龄23.91±13.05岁）。这种分布特征可能与户外暴露频率相关，为高风险人群的靶向防护提供了依据。

血清型分布特征
突破性发现DENV-1成为主导血清型（78.33%），颠覆了既往DENV-2占优势的流行模式。这种血清型转换可能反映群体免疫压力的变化，提示需要更新现有疫苗设计策略。

系统发育分析

• DENV-1全部47个分离株均属于基因型III，与2022年拉瓦尔品第毒株OP898557高度同源
• DENV-2均属Cosmopolitan基因型，显示该基因型在巴基斯坦的持续流行
• DENV-3形成独立进化分支，与缅甸株MW788888存在亲缘关系

遗传变异特征
在C-prM区发现：

• DENV-1存在29个氨基酸替换，其中D176E和V178I突变在全部47株中保守存在
• DENV-2基因组高度保守，仅检测到K63Q等少数突变
• DENV-3呈现A30V/K31Q等5个独特突变，可能影响病毒生物学特性

研究意义
该研究首次系统描绘了卡拉奇地区登革病毒分子流行病学图谱，发现DENV-1血清型替代现象和基因型III的本地流行特征。发现的保守性突变（如D176E）可能作为分子标记用于疫情溯源，而DENV-3的高变异度警示需要加强基因组监测。这些发现为理解登革热病毒进化规律、预测流行趋势提供了重要科学依据，对区域性防控策略制定具有指导价值。建议未来采用全基因组测序（WGS）进一步探究变异的功能意义。