哥斯达黎加两种树懒中人类-野生动物生态互作塑造大肠杆菌种群及耐药基因组

本研究聚焦抗生素耐药性(AMR)生态传播机制，以哥斯达黎加二趾树懒(Cholocepus hoffmanni)和三趾树懒(Bradypus variegatus)为模型，首次揭示其携带的大肠杆菌(E. coli)耐药谱与生态行为、人类活动距离的关联。研究发现二趾树懒分离株携带tet(A)、blaTEM-1B等9种耐药基因(ARGs)，且AMR水平与人类聚居区距离呈负相关，而三趾树懒虽无ARGs却表现40%磺胺耐药，暗示未知环境选择压力。该成果为野生动物AMR传播预警提供新视角，发表于《npj Antimicrobials and Resistance》。

　　

在抗生素耐药性(AMR)全球蔓延的背景下，自然生态系统作为耐药菌储库的作用日益凸显。作为"哨兵生物"的大肠杆菌(E. coli)，其耐药基因在环境中的传播路径仍存在认知空白。哥斯达黎加作为生物多样性热点地区，其标志性物种——活动范围广的二趾树懒与栖息地固定的三趾树懒，为研究人类-野生动物生态互作如何影响AMR传播提供了理想模型。

来自西班牙康普顿斯大学等机构的研究团队，通过对47只野生树懒(32只二趾树懒和15只三趾树懒)直肠样本的大肠杆菌分离培养，结合全基因组测序(WGS)和空间分析，首次系统描绘了树懒携带大肠杆菌的耐药基因组特征。研究发现二趾树懒分离株对磺胺甲恶唑(SMX)、四环素(TET)等6类抗生素呈现3.1%-25%耐药率，且携带tet(A)、qnrS1等9种ARGs；而三趾树懒虽无检出ARGs却表现40% SMX耐药。空间分析显示AMR水平与人类聚居区距离显著负相关(β=-0.0017, p=0.0277)，证实人类活动对耐药基因传播的驱动作用。

研究采用四大关键技术：1) 基于Sensititre EUVSEC?板的14种抗生素表型检测；2) Illumina HiSeq 2500平台全基因组测序；3) 通过ResFinder和CARD数据库进行ARGs注释；4) 结合GIS的空间统计分析，以行政区质心为参考点评估人类活动影响。

结果部分核心发现：

1. 细菌鉴定与AMR表型评估
   二趾树懒分离株对SMX耐药率最高(25%)，并检出2株耐5类抗生素的MDR菌株；三趾树懒仅对SMX耐药(40%)。

2. 大肠杆菌种群结构
   发现5个新序列型(ST)，其中ST12527在4只三趾树懒中高度保守(SNP差异仅42-52)。二趾树懒菌株呈现更高遗传多样性(27个ST/32样本)。

3. 耐药基因与质粒含量
   二趾树懒9.4%分离株携带ARGs，包括介导四环素耐药的tet(B)和喹诺酮耐药qnrS1；三趾树懒虽未检出ARGs但质粒携带率达93.3%，提示潜在环境适应机制。

4. 生物与地理因素
   GLM模型显示人类活动距离是AMR唯一显著预测因子(p=0.0277)，而物种、年龄等因素无统计学意义。

讨论与意义
该研究揭示树懒生态行为差异导致AMR传播风险分化：二趾树懒因广泛活动范围和杂食习性更易获取ARGs，而三趾树懒的SMX耐药可能反映区域环境压力。发现的无人类干扰区域的敏感菌株，为划定AMR生态屏障提供依据。研究创新性在于：

1. 首次建立树懒生态行为-ARGs获取的量化关联；
2. 发现ST12527等高保守菌株，提示野生动物特有菌株传播模式；
3. 证实即使无直接接触，人类活动仍通过环境压力驱动野生动物AMR。

该成果为理解AMR生态传播提供新范式，强调保护原始生境对遏制耐药基因扩散的双重价值——既维护生态系统健康，也保障公共卫生安全。