墨累谷脑炎病毒(MVEV)1951-2020年遗传多样性研究：系统发育与进化分析揭示澳大利亚北部病毒库的持续传播模式

这篇研究通过测序70株跨越51年(1969-2020)的墨累谷脑炎病毒(MVEV)全基因组，揭示了该虫媒病毒在澳大利亚和巴布亚新几内亚(PNG)的遗传多样性远超既往认知。研究发现主要流行基因型G1可细分为G1A、G1B和新发现的G1C亚系，证实病毒在澳大利亚北部存在长期循环传播模式，并首次发现G2型病毒可导致人类脑炎病例。该研究为理解MVEV生态学、进化动力学和跨区域传播提供了重要基因组学证据。

　　

墨累谷脑炎病毒(MVEV)的遗传进化图谱

引言
墨累谷脑炎病毒作为日本脑炎病毒(JEV)血清群成员，是澳大利亚最严重的本土虫媒病毒之一，致死率超过20%。该病毒通过库蚊(Culex annulirostris)传播，水鸟作为主要储存宿主。本研究通过分析1951-2020年间采集的病毒样本，构建了迄今最全面的MVEV基因组进化图谱。

材料与方法
研究团队采用两种创新性测序策略：对34株病毒分离株进行传统全基因组测序；对36份蚊虫匀浆样本开发了MVEV特异性瓦片式扩增子PCR检测方案。通过MAFFT比对和RAxML系统发育分析，结合BEAST贝叶斯进化分析，解析了79条近全长编码序列(CDS)和131条prM/E基因序列的时空分布特征。

主要发现

基因型地理分布特征
• G1型占据主导地位(81.4%)，包含新发现的G1C亚系，主要分布于西澳大利亚州(WA)金伯利地区
• G2型首次被证实可导致人类脑炎病例，2015年在北部领地(NT)检出临床分离株
• PNG来源的病毒聚类显示G1A与G3/G4型存在明显遗传差异

进化动力学
• 分子钟分析显示所有MVEV最近共同祖先(MRCA)可追溯至1829年(95% HPD:1712-1902)
• G1型估算进化速率为7.16×10^-4替换/位点/年，与JE血清群其他成员一致
• G1C亚系表现出独特进化轨迹，1993-1994年暴发株与2003年检出株共享1989年的共同祖先

选择压力分析
全基因组检测到3个正选择位点：

1. 包膜蛋白(E)S332G变异，位于与宿主细胞互作的BC环区域
2. NS4B蛋白E24G和D107G变异，可能影响病毒免疫逃逸能力
   值得注意的是，2011-2012年流行的G1A毒株同时携带E S332G和NS4B E24G变异，而2018年流行株却未保留这些变异，提示其可能不是维持病毒适应度的必需突变。

公共卫生意义
研究发现WA北部病毒库持续向澳大利亚东部扩散的分子证据：
• 1974年维多利亚州(VIC)疫情毒株与WA北部1973年分离株(OR151)存在直接进化关联
• 2011年全国性疫情中，WA/NT流行的G1A与东南部马群暴发的G1B毒株同时传播，揭示气候异常可能驱动不同基因型的协同流行

该研究建立的瓦片式扩增子测序技术突破了传统病毒分离的限制，为直接检测临床样本和环境样本中的低载量病毒提供了新工具。持续监测将有助于阐明MVEV在气候变化背景下的传播风险，并为疫苗靶点预测提供理论基础。