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综述:从微生物生长曲线视角培养未培养厌氧菌
【字体: 大 中 小 】 时间:2025年07月05日 来源:TRENDS IN Microbiology 14.0
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(编辑推荐)本综述聚焦厌氧微生物(anaerobes)培养难题,提出基于实时生长曲线(growth-curve-guided)的靶向富集策略,通过抑制非目标菌群、建立相对生长优势,突破"平板计数异常"(great plate count anomaly)瓶颈,为挖掘未培养微生物资源提供系统性解决方案。
厌氧微生物在缺氧环境中占据重要生态位,其培养难题体现为两大矛盾:DNA测序揭示的自然界数百万种厌氧菌与实验室培养不足0.1%的悬殊差距,以及"平板计数异常"现象与"侦察兵"(scout)模型的相互印证。传统培养方法仅能捕获少数机会主义菌种,突破该瓶颈需建立新型框架。
生长曲线引导策略通过实时监测物种水平生长动态,创造性地将非目标微生物分为三类:生长速率差异型、环境敏感型和代谢互作型。针对性地采用稀释振荡(dilution shaking)抑制快速生长菌、氧脉冲清除(oxygen pulse)淘汰严格厌氧菌、代谢物截留(metabolite trapping)阻断互作依赖菌,使目标菌获得相对生长优势。该策略在分离产甲烷古菌(methanogenic archaea)时,通过控制H2/CO2比例使目标菌倍增时间缩短至12小时。
缺氧环境中的微生物驱动全球生物地球化学循环(biogeochemical cycles),但现有培养技术难以匹配其惊人的多样性。生长曲线引导策略颠覆了以丰度为导向的传统思路,通过三阶段动态调控:初期采用微流控芯片(microfluidic chips)实现单细胞级生长追踪,中期通过群体感应抑制剂(quorum sensing inhibitors)阻断竞争菌群信号通路,后期结合流式细胞分选(FACS)精准捕获目标菌落。
典型案例中,该策略成功分离出能降解多氯联苯(PCBs)的新型脱卤拟杆菌(Dehalobacter),其关键突破在于实时调整电子供体(electron donors)浓度,使目标菌在群落占比从0.01%提升至95%。这种可预测、可调控的培养框架,为开发未培养微生物(uncultured microbes)资源库开辟了新路径。
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