基于引物锚定比对的NGS-SSR基因分型优化方法及其在亲缘鉴定中的应用

为解决传统毛细管电泳(CE)在微卫星(SSR)分析中通量低、耗时长的问题，研究人员开发了一种与CE兼容的靶向NGS-SSR基因分型优化方法。通过引物锚定BLAST比对、容忍微卫星重复阵列(MRA)缺陷的动态调整策略，显著提升大口黑鲈(Micropterus salmoides)亲缘鉴定的准确率至0.950，为遗传分析提供高效解决方案。

　　

微卫星(SSR)作为高度多态性的DNA序列，在亲缘鉴定等遗传研究中应用广泛。传统毛细管电泳(CE)技术虽可靠，但存在通量限制和耗时问题。下一代测序技术(NGS)虽具高通量优势，但现有NGS-SSR分型方法与CE数据兼容性差，易导致孟德尔遗传不匹配。

这项研究提出了一种优化的靶向NGS-SSR分型方法：通过引物侧翼序列作为BLAST比对的锚点，实现重叠/非重叠双端读长的有效利用；根据比对读长推断重复单元数，容忍微卫星重复阵列(MRA)内部缺陷；当MRA观测值与预期不符时动态调整基序定义。

研究团队采用4组10-plex SSR面板对大口黑鲈(M. salmoides)进行亲缘鉴定验证。优化后的SSRseq方法显著提升性能——仅需2个组合面板即可达到1.000的分配率和0.950的准确率，而原方法需4个面板才能达到0.900准确率。多个位点测试显示该方法与CE分型结果高度一致。

该优化方案成功解决了NGS与CE数据兼容性难题，为亲缘鉴定等遗传分析提供了兼具高通量、低成本与准确性的新工具，同时最大限度降低了孟德尔遗传错误的风险。