综述:通过构效关系分析解锁强效抗结核天然产物

【字体: 时间:2025年07月08日 来源:Natural Products and Bioprospecting 4.8

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  这篇综述系统总结了具有强效抗结核活性(MIC<5 μg mL-1)的天然产物及其构效关系(SAR),涵盖海洋生物、陆生植物和微生物来源的化合物。通过机器学习(Random Forest、XGBoost)和分子对接(AutoDock Vina)技术,揭示了关键结构特征与抗结核活性的关联,并探讨了细胞毒性差异,为靶向结核分枝杆菌(Mtb)耐药菌株的新药研发提供了重要线索。

  

强效抗结核天然产物的构效关系解析

引言
结核病(TB)仍是全球重大健康威胁,2021年导致160万人死亡。耐药结核分枝杆菌(MDR-TB/XDR-TB)的出现使得研发新型抗结核药物迫在眉睫。天然产物因其结构多样性和独特生物活性成为重要来源,如一线药物利福平(rifampicin, MIC 1 μg mL-1)和异烟肼(isoniazid, MIC 2-4 μg mL-1)均源自天然产物。

海洋生物来源的活性化合物

  1. 生物碱类
  • 曼扎明碱(manzamine)衍生物中,6-羟基曼扎明E(MIC 0.4 μg mL-1)和8-羟基曼扎明A(MIC 0.9 μg mL-1)活性最强,β-咔啉环的羟基化显著提升活性。
  • 吡啶并吖啶类化合物ascididemin(23)通过完整的亚胺醌结构和吡啶环实现超强活性(MIC 0.10 μg mL-1),但其类似物因C-11羟基化而失活。
  1. 萜类
  • 异源海绵中的heteronemin(32)和12-脱乙酰基-19-乙酸酯(34)通过C-19乙酰氧基和C-12取代基调控活性(MIC 1.47-1.71 μg mL-1)。半合成衍生物37(C-12酮基化)活性提升至0.11 μg mL-1

陆生植物活性成分

  1. 苯并菲啶生物碱
  • Decarine(38)因C-8羟基(MIC 1.6 μg mL-1)优于甲氧基取代的norchelerythrine(MIC>50 μg mL-1),且细胞毒性(THP-1 IC50 66 μg mL-1)较低。
  1. 倍半萜内酯
  • Isogoyazensolide(53)的α-羟基构型(MIC 1.5 μg mL-1)比β-构型活性高2倍,内酯环和八元杂环是核心药效团。

微生物代谢产物

  1. 肽类
  • 真菌Glioderma产生的trichoderin A(93)在缺氧条件下仍有效(MIC 0.12 μg mL-1),其AHMOD侧链对活性至关重要。
  1. 二酮哌嗪
  • 含硫桥的gliotoxin(77)活性惊人(MIC<0.01 μg mL-1),而结构相似的78-79无活性,凸显硫原子的关键作用。

活性与毒性平衡

  • 低毒性候选物包括:海洋来源ircinol A(11)、植物二聚萘醌maritinone(63, MIC 3.13 μg mL-1;Vero细胞IC50 232.68 μg mL-1)和微生物代谢物12,13-二羟基fumitremorgin C(80)。

未来展望
通过机器学习预测的靶点(如生物素合成酶4XJO、CoA合成酶4BFZ)为优化设计提供方向。优先开发符合类药五原则(Lipinski规则)的ascididemin(23)和trichoderin A(93),有望突破耐药结核的治疗瓶颈。

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