中国东南地区小肠结肠炎耶尔森菌的流行特征与基因组学研究（2008-2022）：揭示食源性传播与耐药性风险

针对中国东南地区缺乏小肠结肠炎耶尔森菌（Yersinia enterocolitica）系统性监测的问题，研究人员通过15年样本分析（n=2939），揭示了其流行特征、基因组多样性及耐药性。研究发现啮齿动物（8.1%）和零售肉类（7.1%）为主要宿主，鉴定出12个新序列型（STs），且46.7%菌株为多重耐药（MDR）。该研究为食源性疾病防控和抗生素管理提供了关键数据。

　　

在中国东南地区，小肠结肠炎耶尔森菌（Yersinia enterocolitica）作为一种重要的食源性病原体，长期缺乏系统性监测。这种细菌通过污染的食物或水传播，可引发从自限性腹泻到败血症的多种疾病，尤其威胁儿童和免疫低下人群。尽管欧洲已将其列为第三大 zoonotic infection（人畜共患病），但中国的流行病学数据仍存在显著空白。更令人担忧的是，随着全球食品贸易和集约化养殖的发展，耐药菌株的涌现使得防控形势日益严峻。

为填补这一空白，来自苏州大学和温州市疾控中心等机构的研究团队Lei Fang、Shuxuan Li等开展了为期15年（2008-2022）的系统性研究。团队收集了2939份样本（涵盖人类临床病例、啮齿动物、零售肉类等），通过全基因组测序和表型分析，首次全面揭示了中国东南地区Y. enterocolitica的流行规律和进化特征。相关成果发表在《Applied Microbiology and Biotechnology》上，为公共卫生决策提供了科学依据。

研究采用多学科交叉技术：

1. 样本宏基因组测序（Illumina NovaSeq 6000平台）结合生物分型（检测脂酶、吡嗪酰胺酶等代谢特征）；
2. 核心基因组多位点序列分型（cgMLST）构建种群结构；
3. 抗菌药物敏感性测试（CLSI标准）评估27种抗生素耐药性；
4. 毒力因子数据库（VFDB）比对预测致病潜能。

主要研究结果

流行特征与宿主分布
从2939份样本中分离出105株菌株，啮齿动物携带率最高（8.1%），其次是零售肉类（7.1%）。值得注意的是，即食沙拉、海鲜等非传统食品也检出病原体（3.7%），提示传播途径多样化。人类临床病例仅占0.8%，但生物型1A（传统认为非致病）占比突出，挑战了现有致病性认知。

基因组多样性
全基因组分析鉴定出54个序列型（STs），包括12个新STs。生物型1A展现出远超致病型（3/4型）的遗传多样性（50 vs. 2 STs）。系统发育分析揭示两大谱系：HC1490_10（97.1%菌株）和HC1490_2（含关键毒力基因ail、invA）。

耐药性危机
46.7%菌株为MDR，对多粘菌素B（100%）、阿奇霉素（50.5%）普遍耐药。生物型3/4的MDR率显著更高（P=0.03），且发现携带质粒编码耐药基因的菌株。基因组预测与表型耐药存在差异（如氨基糖苷类敏感性仅22%），凸显现有检测技术的局限性。

讨论与意义
该研究首次揭示了中国东南地区Y. enterocolitica的复杂生态位：啮齿动物作为潜在储存宿主，零售食品为传播媒介，而生物型1A的临床分离株提示其致病潜力被低估。耐药质粒的检出警示抗生素滥用可能加速耐药性传播。研究建立的cgMLST分型体系（HC1490层级）为全球菌株溯源提供了新工具。

未来需重点关注：

1. 加强食品链（尤其是即食食品）的病原监测；
2. 开发针对生物型1A的快速诊断方法；
3. 基于One Health（全健康）策略协调人-动物-环境联防联控。这项研究不仅为区域性食源性疾病防控提供了基线数据，也为理解Y. enterocolitica的适应性进化贡献了关键见解。