阴道源粪肠球菌UMB6935B全基因组测序揭示泌尿生殖道共生与致病的分子基础

来自Loyola大学的研究团队针对粪肠球菌(Enterococcus faecalis)在女性泌尿生殖系统中的双重角色展开研究，通过混合组装技术成功解析临床分离株UMB6935B的完整基因组及两个质粒序列，发现其携带lsa(A)、tet(M)和erm(B)等耐药基因，为理解该菌株从肠道向阴道迁移的潜在机制及临床感染防控提供重要数据支撑。

　　

这项研究揭示了从膀胱过度活动症患者阴道拭子中分离的粪肠球菌UMB6935B的完整基因组特征。作为肠道常见定植菌，粪肠球菌在泌尿系统中的出现常与感染症状相关。研究团队采用创新的混合测序策略——结合Illumina NovaSeq X Plus平台的双端测序(3,270,734对reads)和牛津纳米孔技术(278,839条长读长，N₅₀=5,440 bp)，通过BV-BRC平台进行杂交组装。

最终获得包含1条环形染色体(2.89 Mb)和2个环形质粒(53.59 kb/53.31 kb)的高质量基因组。值得注意的是，质粒携带的rep9c和rep9a复制子与肠道/泌尿分离株高度同源，暗示可能存在跨生态位传播。抗生素耐药分析检出染色体上的lsa(A)、tet(M)基因及质粒编码的erm(B)基因，这些发现为临床治疗提供分子预警。

测序过程采用脑心浸液琼脂培养(35°C, 5% CO₂)，DNA提取使用ZymoBIOMICS试剂盒。组装经过TrimGalore质控、Unicycler拼接，并采用racon和Pilon进行多轮抛光。该研究不仅完善了泌尿生殖道微生物组数据库，更通过质粒特征分析为理解细菌适应性进化提供了新视角。