单细胞与群体基因组整合分析揭示鼻咽癌易感基因通过调控T细胞参与肿瘤发生

本研究通过整合5073例鼻咽癌患者和5860例对照的meta-GWAS数据与单细胞/群体转录组谱，首次系统鉴定出234个鼻咽癌易感基因（81.62%为新发现），锁定T细胞为关键功能细胞类型。研究发现3p24.1位点的风险等位基因通过增强调控元件活性上调EOMES表达，进而促进CD8+ T细胞耗竭，为鼻咽癌遗传机制和免疫微环境调控提供了全新见解。

　　

鼻咽癌是一种具有独特地域分布特征的恶性肿瘤，其发生发展与Epstein-Barr病毒（EBV）感染和遗传因素密切相关。尽管既往全基因组关联研究（GWAS）已鉴定出多个鼻咽癌易感位点，但绝大多数位于非编码区，其功能机制和靶基因仍不明确。更关键的是，鼻咽癌肿瘤微环境中存在大量淋巴细胞浸润，但遗传变异如何通过特定细胞类型影响肿瘤发生尚属空白。这些知识缺口严重阻碍了对鼻咽癌遗传病因的深入理解。

中山大学肿瘤防治中心的研究团队在《Genome Biology》发表了一项突破性研究。通过整合5073例鼻咽癌患者和5860例对照的大规模meta-GWAS数据，结合单细胞和群体转录组分析，首次系统揭示了鼻咽癌易感基因在T细胞中的调控机制。研究发现3p24.1位点的功能性SNP通过增强调控元件活性上调转录因子EOMES表达，进而促进CD8⁺ T细胞耗竭，为理解鼻咽癌遗传-免疫交互机制提供了全新视角。

研究主要采用五大关键技术：1）多中心样本的meta-GWAS分析；2）52例肿瘤和11例正常组织的单细胞转录组整合；3）基于CIBERSORTx的细胞组分反卷积；4）PCHi-C（启动子捕获Hi-C）介导的染色质互作分析；5）双荧光素酶报告系统和ChIP-qPCR验证功能性SNP。

结果部分
T细胞被鉴定为鼻咽癌易感性的核心细胞类型
通过LDSC、MAGMA和RolyPoly三种算法分析10x Genomics和Smart-seq2平台产生的单细胞数据，发现T细胞和NK细胞显著富集鼻咽癌遗传信号（P=0.015）。亚群分析显示细胞毒性CD8⁺ T细胞、耗竭性CD8⁺ T细胞和干扰素应答CD8⁺ T细胞为主要关联亚群。

234个易感基因的发现与功能解析
整合eQTL（E-MAGMA）和染色质互作（H-MAGMA）数据，鉴定出234个易感基因，其中81.62%为首次报道。这些基因主要参与抗原呈递（HLA-A/B/C）、免疫蛋白酶体（PSMB8/9）、细胞周期（CDKN2A/B）等通路。IPA分析显示PD-1/PD-L1癌症免疫治疗通路（P_adj=6.31×10^-21）显著富集。

EOMES的功能机制研究
位于3p24.1的rs56365817与鼻咽癌风险显著相关（OR=1.19，P_meta=3.66×10^-8）。通过双荧光素酶实验证实，其风险等位基因（rs56188445[T]）使报告基因活性增强2.1倍（P<0.01）。ChIP-qPCR显示该位点在Jurkat T细胞中的H3K27ac信号强度是鼻咽癌细胞系C666-1的3.8倍（P<0.001），表明T细胞特异性调控。

EOMES促进CD8⁺ T细胞耗竭
mIHC分析43例鼻咽癌组织显示，肿瘤微环境中EOMES⁺CD8⁺ T细胞比例显著高于正常组织（P=1.80×10^-4）。单细胞分析发现EOMES⁺CD8⁺ T细胞高表达耗竭标志物（PDCD1、HAVCR2等），且与肿瘤细胞通过LGALS9-HAVCR2免疫抑制信号密切互作。

这项研究开创性地将多组学整合分析应用于鼻咽癌遗传研究，不仅发现EOMES等新型易感基因，更揭示遗传变异通过调控T细胞功能影响肿瘤微环境的新机制。特别值得注意的是，约25%的易感基因参与免疫相关通路，凸显免疫调控在鼻咽癌发生中的核心地位。研究为开发基于T细胞耗竭机制的免疫治疗策略提供了理论依据，也为其他EBV相关恶性肿瘤的研究提供了范式。