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细胞退火:基于景观模型探索衰老逃逸与细胞年轻化新机制
【字体: 大 中 小 】 时间:2025年07月09日 来源:Cell Research 28.2
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本文针对衰老过程中细胞状态信息存储与恢复机制不明的难题,提出"Cell Annealing"(细胞退火)现象学模型。研究整合Waddington景观与Hopfield网络理论,揭示通过短暂提升细胞潜能β可帮助细胞逃离衰老相关的亚稳态低谷,为跨组织衰老干预提供统一理论框架,相关成果发表于《Cell Research》。
衰老研究领域长期面临一个根本性难题:为何细胞会逐渐丧失功能?尽管科学家已发现端粒缩短、表观遗传紊乱等多种分子标记,但细胞年轻态信息的存储位置与恢复机制仍是未解之谜。更棘手的是,衰老涉及转录组、蛋白质组等多模态分子网络的协同退化,这种复杂性使得传统单一靶点干预策略收效有限。
Altos Labs San Diego Institute of Science(美国圣地亚哥奥托斯实验室科学研究所)与Altos Labs Cambridge Institute of Computation(英国剑桥奥托斯实验室计算研究所)的Sebastian Memczak和Juan Carlos Izpisua Belmonte团队在《Cell Research》提出突破性理论框架。他们受材料科学中金属退火工艺启发,构建"Cell Annealing"(细胞退火)模型,首次将Waddington表观遗传景观与Hopfield神经网络特性相结合,证明细胞年轻态信息以分布式方式存储于多模态网络中,通过短暂提升细胞潜能β可实现衰老逆转。
研究主要运用三大技术方法:1)基于单细胞多组学数据构建高维细胞状态景观;2)采用不对称Hopfield网络模拟表观遗传-转录组互作;3)通过小鼠早衰模型验证部分重编程(4F因子)与化学小分子干预的退火效应。
【A CELL STATE LANDSCAPE DEFINED BY DISTRIBUTED INFORMATION】
研究团队将人体200余种细胞类型及其亚态建模为高维能量景观。x轴代表细胞状态谱,y轴为类势能的Cell State Potential(细胞状态势能),z轴则是决定可及状态的Cell Potency β(细胞潜能β)。关键发现是:年轻细胞处于景观高位(β值高),而衰老细胞陷入低β值的局部能量低谷。这种结构通过生物模态(如信号网络、染色质开放度)的Hopfield式不对称互作维持,即使输入部分信息也能触发完整年轻态恢复。
【CELL DYNAMICS IN THE CELL STATE LANDSCAPE】
发育过程中β值缓慢降低,驱动细胞沿中胚层等主干道分化;而衰老时β值持续下降,导致细胞被困在类似河流三角洲的复杂支流状亚稳态中。动态模拟显示:年轻细胞受扰动后可快速回归最优态(高弹性),而衰老细胞因β值不足难以逃脱局部陷阱(脆弱性)。这解释了为何老年组织修复能力显著减弱。
【CELL ANNEALING- A PHENOMENOLOGICAL MODEL OF REJUVENATION】
研究提出革命性干预策略:短暂提升β值可扩大细胞的M?glichkeitsraum(可能空间),使其"退火"至年轻态。实验证据包括:1)四因子(4F)部分重编程可使衰老细胞跨越能量壁垒;2)细胞外基质(ECM)重塑或代谢调控等非遗传手段同样有效,证实β值调控的普适性。值得注意的是,最佳干预窗口需精确控制——β值过低无效,过高则导致去分化。
这项研究开创性地将物理退火原理引入生物学,为衰老干预带来三大范式转变:1)无需预设年轻态分子蓝图,分布式存储特性使细胞可自主重建最优态;2)跨组织干预成为可能,因β值调控不依赖特定信号通路;3)解释了为何短暂重编程即可产生持续年轻化效应。未来通过开发β值生物标记物(如转录组广度或染色质可及性),有望实现精准的临床衰老干预。研究同时警示:过度追求β值提升可能诱发肿瘤风险,这为安全界限的划定提供了理论依据。
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