综述：变异等位基因分数、嵌合体百分比和拷贝数在癌症中的解读指南

这篇综述系统阐述了癌症基因组学中变异等位基因分数(VAF)、嵌合体百分比和拷贝数(CNV)的检测技术与临床解读策略，重点比较了传统细胞遗传学技术(核型分析/FISH)与高通量基因组技术(微阵列/光学基因组图谱OGM/二代测序NGS)的数据转换方法，强调了国际细胞基因组学命名体系(ISCN)在跨平台结果标准化中的核心作用，并探讨了在血液肿瘤(如AML/MDS)诊断和克隆性造血(CHIP)监测中的临床应用挑战。

　　

引言

现代遗传诊断实验室的核心任务是检测基因组变异。传统核型分析虽能完整呈现单细胞水平的染色体结构，但分辨率有限。染色体微阵列(CMA)和长读长测序(lrGS)技术的发展使拷贝数变异(CNV)和结构变异(SV)的检测精度显著提升，但临床应用中仍面临技术挑战。光学基因组图谱(OGM)作为新兴技术，在SV检测中展现出与核型分析的高度一致性，为临床实践提供了新选择。

染色体数量异常的类别

基因组不稳定性可导致不同规模的染色体数量改变：

• 倍性变化：如三倍体(3n)、四倍体(4n)，核型分析可直接识别，但批量基因组技术需通过SNP等位基因频率模式推断
• 非整倍性：全染色体增益/缺失，OGM和低深度全基因组测序可检测≥5%的克隆
• 缺失/重复：片段大小从数百碱基至整个染色体臂，OGM通过组合SV和CNV分析管道可识别≥500kb的变异

拷贝数变异的报告规范

国际细胞基因组学命名体系(ISCN)建议将批量基因组技术获得的拷贝数状态转换为"样本比例"格式。例如：

• 单体性7在70%细胞中出现时，微阵列报告为arr(7)x1[0.7]
• 三体性8的拷贝数2.3对应30%样本比例
  对于性染色体，男性X/Y的拷贝数转换规则与常染色体不同（表2）。扩增区域因拷贝数过高，常需结合其他临床指标综合评估。

结构变异的特殊考量

结构变异通过不同技术平台报告的VAF需差异化处理：

• 常染色体VAF≤0.5时，样本比例=VAF×2（表3）
• 复杂情况如获得性纯合性(CN-LOH)或复杂倍性可导致VAF>0.5
  技术因素如OGM在低标记密度区域的假阳性、NGS在重复序列的比对错误等均可影响VAF准确性。典型案例TP53基因的双等位基因失活可能通过多种机制实现（图2D），凸显多技术联合分析的价值。

移植后特殊场景

异基因造血干细胞移植后的嵌合体分析需特别注意：

• 性别不匹配移植中残留供体DNA可通过OGM的B等位基因频率(BAF) distortion识别（图3E）
• ISCN推荐采用"//"符号区分供受体细胞比例，如：ogm(X,1-22)x2[0.9]//(X,Y)x1(1-22)x2[0.1]

技术间偏倚比较

30例血液肿瘤样本的平行验证显示：

• 核型分析可能漏检低增殖性克隆（如B-ALL中质量差的 metaphase含异常克隆）
• OGM在<20%比例时，对小染色体（如22号）非整倍体的敏感性低于大染色体
• 典型病例中t(4;11)(KMT2A::AF4)的核型检出率仅8%，而FISH/OGM达85%，提示核型对隐蔽重排的局限性（表6）

临床转化意义

基因组特征已深度整合至血液肿瘤诊疗体系：

• WHO/ICC分类将特定SV（如RUNX1::RUNX1T1）作为AML的诊断标志
• TP53突变型MDS要求突变VAF>10%或伴17p缺失
• 克隆性造血(CHIP)的2%VAF阈值与预后评分系统(CHRS)的20%风险分层临界值，凸显精确量化的重要性

结论

随着基因组技术革新，VAF和CNV的跨平台解读需要实验室遗传学家、病理学家和临床医生共同理解不同方法学的假设前提与技术局限。在精准医学时代，整合形态学、免疫表型和多组学数据的综合判断，将成为优化血液肿瘤诊疗的关键路径。