ETV6::RUNX1白血病治疗反应的基因组决定因素：多组学解析与临床转化意义

本研究针对儿童B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）中ETV6::RUNX1亚型的治疗反应异质性，通过整合全基因组测序（WGS）、转录组学和拷贝数变异（CNV）分析，首次系统揭示了APOBEC突变特征、免疫球蛋白轻链重组事件及染色体12p缺失/增益等基因组标志物与治疗敏感性的关联。研究发现快速响应患者呈现活跃的细胞周期特征和KRAS缺失，而慢响应者更易发生IGK基因重排和TP53/NF1突变，为临床早期风险分层提供了分子基础。

　　

在儿童B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）中，ETV6::RUNX1融合基因是第二常见的亚型，约占病例的25%。尽管这类白血病通常预后较好，但仍有约5%的患者会复发，占所有B-ALL复发病例的20%。当前，诱导治疗后的微小残留病（MRD）是预测复发风险的金标准，但基因组层面的预测标志物仍属空白。这就像面对同一把锁，医生们只能通过观察钥匙插入后的转动速度（MRD）来判断锁芯结构，却无法提前知晓锁的内部构造（基因组特征）。这种不确定性使得临床治疗决策充满挑战——过度治疗可能导致毒性，而治疗不足则可能引发复发。

为了破解这一难题，来自芬兰坦佩雷大学（Tampere University）和瑞典乌普萨拉大学（Uppsala University）的研究团队开展了一项开创性研究。他们整合了362例ETV6::RUNX1患者的全基因组、转录组和靶向测序数据，结合北欧白血病协作组（NOPHO）ALL2008治疗方案下的MRD动态监测，首次绘制了治疗响应相关的基因组图谱。这项发表在《Leukemia》的研究不仅揭示了APOBEC突变特征与快速响应的关联，更发现了染色体12p结构变异对化疗敏感性的双向调控作用，为精准医疗提供了新路标。

研究人员运用了四大关键技术：1）全基因组测序（WGS）分析33例配对的肿瘤-正常样本；2）靶向panel测序（261例）检测SNV/InDel；3）RNA测序（51例）解析转录组特征；4）单细胞多组学（scRNA-seq+scVDJ）追踪治疗过程中克隆演化。所有样本均来自NOPHO ALL2000/2008临床试验队列，并严格按MRD水平分为快速（EOI MRD=0%）、中间（0%<MRD<0.1%）和慢速响应组（MRD≥0.1%）。

APOBEC突变特征与细胞周期活跃预示快速响应
通过COSMIC突变特征分析，研究发现快速响应组显著富集APOBEC3B（A3B）相关的SBS2/SBS13特征（r=-0.42, p<0.05）。单细胞解析显示A3B在S期高表达（p<0.01），且与MYC/PAX5调控网络耦合。这就像癌细胞自带"加速器"——活跃的细胞周期（S期基因评分r=-0.30, p<0.05）和DNA损伤响应（DDR）机制，使其更易被化疗药物靶向清除。

IGK重组事件暴露耐药漏洞
慢响应组展现出惊人的基因组"变装"能力——WGS检测到更多免疫球蛋白κ轻链（IGK）重组（p=0.03），包括κ缺失元件（KDE）的反复重组尝试。单细胞VDJ测序捕捉到治疗后blast细胞中IGK表达从0.6%飙升至11%的现象，暗示pre-BCR信号通路可能成为耐药细胞的"生命线"。

染色体12p的结构博弈
拷贝数分析揭示了基因组"跷跷板"现象：快速响应组高频发生12p缺失（含KRAS、FKBP4基因），而慢响应组更常见12p短片段增益（含ETV6、USP5基因）。体外实验证实KRAS敲除使REH细胞对长春新碱敏感性提升（p<0.01），而12p缺失患者的外显子实验显示对地塞米松的敏感性增强。

突变谱系揭示耐药机制
靶向测序发现NF1（p<0.01）、TP53（p<0.05）和INTS1（p<0.05）突变与EOC MRD阳性显著相关，这些基因分别调控RAS通路、DNA修复和甲氨蝶呤代谢。特别值得注意的是，ARID5B突变在慢响应组更常见（p<0.05），这与既往报道的化疗抵抗机制一致。

这项研究构建了ETV6::RUNX1白血病治疗响应的多组学预测框架：APOBEC突变和12p缺失构成"敏感标签"，而IGK重组、12p增益和TP53/NF1突变形成"耐药标签"。临床转化上，12p缺失的检测可通过临床常规SNP阵列实现，为即时风险分层提供可能。理论层面，研究首次将A3B介导的突变过程、免疫球蛋白重组可塑性及染色体结构变异纳入统一模型，解释了为何相同遗传背景的白血病会对治疗产生截然不同的响应。正如作者Merja Heinaniemi强调的，这些发现"为诊断时的疾病分类提供了新工具"，有望通过早期基因组风险评估优化治疗策略，减少过度治疗和复发风险。