胃癌病毒组全景解析：病毒特征鉴定及其与肿瘤发生发展的分子关联

（编辑推荐）本研究通过转录组测序和单细胞分析，系统描绘了胃癌（GC）中病毒组（virome）的分布特征，首次鉴定出人类内源性逆转录病毒（HERV-K）、EB病毒（EBV）和巨细胞病毒（HCMV）等关键病毒与胃癌发展的相关性，并揭示其通过整合宿主基因组（如调控ABCC2/PRODH基因）和影响免疫微环境的致癌机制。创新性建立基于随机森林（RF-BFE）的病毒标志物筛选模型，为胃癌早期诊断和病毒靶向治疗提供新视角。

　　

病毒组学技术揭示胃癌病毒全景图谱
通过整合LOCAL队列（32例胃癌/24例癌旁）和公共数据库（GSE113255等）的转录组数据，研究团队采用宿主基因过滤（HISAT2）和病毒基因组比对（BLASTn）策略，鉴定出68种病毒，包括13种DNA病毒、25种RNA病毒和30种噬菌体。其中9种病毒（如Siphoviridae sp. ctHip2）为胃癌组织特有，而EBV和HCMV在肿瘤样本中呈现高阳性率（图2C）。单细胞测序进一步显示，HERV-K在胃癌上皮细胞和免疫细胞中广泛分布，其表达量与肿瘤进展呈正相关（图3G）。

病毒-宿主基因组互作机制
IGV可视化分析发现，HERV-K的基因组序列与人类6个基因（ABCC2/SGCD/PRODH等）存在高同源性（图6B-C），其中PRODH启动子区的HERV-K同源片段可能通过结合SOX2转录因子调控基因表达。EBV则通过LMP1/LMP2蛋白诱导基因组不稳定性，而HCMV在胃癌上皮细胞的检出颠覆了其仅感染免疫细胞的传统认知。

诊断模型与临床关联
基于随机森林算法筛选的30种病毒标志物（如HERV-K/HERV-W）可区分胃癌与癌旁组织（AUC=0.938），其中HERV-K在弥漫型胃癌中显著富集（P<0.001）。值得注意的是，幽门螺杆菌（H. pylori）阳性样本中，急性转化逆转录病毒（acutely transforming retrovirus）的丰度显著升高（图5G），提示细菌-病毒协同致癌可能。

方法论突破与局限
研究创新性开发宿主游离读段（host-free reads）分析流程，但受限于低丰度病毒（如噬菌体）的检测灵敏度。未来需结合全基因组测序（WGS）进一步验证病毒整合事件，为胃癌的病毒病因学研究和精准诊疗提供新靶点。