基于SNPSTR标记的陆龟起源鉴定方法：以黑化赫尔曼陆龟为例揭示野生动物非法贸易的分子溯源技术

本研究针对赫尔曼陆龟(Testudo hermanni)非法贸易溯源难题，开发了包含10个SNPSTR（单核苷酸多态性-短串联重复序列复合标记）和2个STR的分子标记集。通过分析97个样本的72个SNPs和201个STR等位基因，实现了99.95%的个体排除概率，首次成功将5只黑化个体溯源至塞尔维亚和法国/西班牙种群。该成果为CITES附录物种的非法贸易监管提供了新型分子工具。

　　

在地中海地区的阳光照耀下，赫尔曼陆龟(Testudo hermanni)正面临前所未有的生存危机。作为CITES附录II物种，它们位列全球查获量前十的爬行动物，非法贸易导致野生种群数量在过去十年下降30%。更严峻的是，当前缺乏有效技术手段来鉴别走私个体的地理来源——这对打击犯罪链条和制定保护策略至关重要。传统形态学鉴定方法难以区分人工繁殖与野生捕获个体，而现有遗传标记分辨率不足，无法精确追溯亚种杂交和地域性种群特征。

莱布尼茨生物多样性变化分析研究所（Leibniz Institute for the Analysis of Biodiversity Change）的Annika Mozer团队在《Conservation Genetics Resources》发表突破性研究，开发出新型SNPSTR（单核苷酸多态性-短串联重复序列复合标记）技术体系。通过整合全基因组测序与生物信息学分析，研究人员构建了包含10个SNPSTR和2个STR的分子标记集，其个体识别概率高达1/2.04×10¹⁹，成功破解了陆龟非法贸易溯源的技术瓶颈。

关键技术包括：1）Illumina MiSeq全基因组测序获取参考序列；2）SPAdes组装与PERF软件筛选候选STR位点；3）多重PCR扩增与二代测序验证；4）STRaitRazor和GATK分析SNP-STR复合基因型；5）GeneAlEx计算群体遗传参数。样本涵盖巴尔干半岛和西欧4国的97个地理参照个体。

标记集开发
从全基因组中筛选出12个高多态性位点，其中TesHer9位点含12个SNP和57个等位基因，观测杂合度0.763。SNPSTR标记使等位基因分辨率提升3倍，有效区分T. h. hermanni与T. h. boettgeri两个亚种。

地理溯源验证
基于364个等位基因构建的数据库，对法国/西班牙样本的溯源准确率达95.2%。塞尔维亚种群拥有257个私有等位基因，形成独特遗传特征。

黑化个体溯源应用

完全黑化个体被精准匹配至塞尔维亚T. h. boettgeri种群，而4只部分黑化个体则溯源至法国/西班牙的T. h. hermanni。马略卡岛种群的特殊黑化特征可能与3000年前人类引入活动有关。

该研究开创性地将SNPSTR技术应用于野生动物保护，其99.999%的亲权排除能力可有效识别"洗白"的野生个体。建立的参考数据库为执法部门提供科学依据，通过追踪走私热点区域（如2014年塞尔维亚边境查获的千只个体案件），助力全球打击野生动物犯罪网络。未来扩展样本量后，该技术有望应用于其他濒危龟类的保护实践。