重新审视多物种溯祖模型(MSC)在Liolaemus wiegmannii物种组全分子系统发育中的应用与检验

本研究针对多物种溯祖模型(MSC)假设偏离可能导致拓扑结构和节点高度估计失真问题，开发了升级版R包P2C2M2。研究人员通过对42种蜥蜴16个位点的分析，首次发现Liolaemus wiegmannii组与L. montanus组之间存在历史基因流，并验证了网状进化模型(MSNC)的适用性。该研究为系统发育分析中的模型选择提供了重要方法论指导。

　　

最新研究对多物种溯祖模型(Multispecies Coalescent, MSC)进行了深入验证，通过重新编码R包P2C2M开发出P2C2M²工具，成功解决了传统方法无法处理BEAST²生成系统树的技术瓶颈。以蜥蜴类Liolaemus wiegmannii物种组为研究对象，对42个物种的16个分子标记位点进行分析，发现多个位点存在显著偏离MSC模型的现象。

研究揭示了L. wiegmannii组在Eulaemus的L. montanus分支中的意外系统位置，这可能是未考虑杂交因素导致的假象。当引入多物种网络溯祖模型(Multispecies Network Coalescent, MSNC)后，发现L. anomalus组才是L. wiegmannii组最近的姐妹群，同时检测到L. wiegmannii组与L. montanus组之间存在历史基因流信号——这一重要发现尚未见诸既往报道。

研究团队指出文献中物种分歧时间估算存在三大误差来源：未经统计验证的严格分子钟使用、错误的化石校准点选择，以及将溯祖时间误作物种分化时间。该研究强调在进行基于分子标记的系统发育重建时，必须进行MSC模型适配性检验，当检测到显著偏离且历史基因流是可能原因时，应采用系统发育网络分析方法。这些发现为爬行动物进化研究提供了新的方法论框架和理论见解。