人类调节性T细胞中新型非编码FOXP3转录本异构体的发现及其与转录干扰的潜在关联

这篇研究通过直接RNA测序技术（DRS）在人类调节性T细胞（TREG）中鉴定出新型FOXP3转录异构体，包括一种具有延伸5'非翻译区（UTR）的“longFOXP3”非编码RNA。研究揭示了上游启动子的活性与FOXP3 mRNA及蛋白水平的负相关性，提出了转录干扰（TI）可能作为FOXP3基因表达调控的新机制，为免疫耐受和自身免疫疾病研究提供了新视角。

　　

引言

CD4⁺调节性T细胞（T_REG）是维持免疫稳态的关键细胞亚群，其核心转录因子FOXP3的调控异常与自身免疫疾病（如IPEX综合征）密切相关。近年研究发现，FOXP3基因座存在一个仅在T_REG中活跃的上游启动子，但其转录产物和功能尚未明确。

结果

新型FOXP3转录异构体

通过直接RNA测序（DRS），研究团队在培养的初始T_REG（tnT_REG）中鉴定出多类新型转录本：

1. longFOXP3：延伸5'UTR的poly(A)⁺转录本，占上游启动子产物的主要部分，可发生与经典FOXP3 mRNA相同的剪接变异（如Δ2型）。

2. 短链非编码RNA：终止于经典启动子区或第一内含子，可能以非腺苷酸化形式存在。

非编码特性验证

• 蛋白质印迹和质谱数据均未检测到longFOXP3编码的蛋白。

• 体外转录RNA转染实验显示，longFOXP3无法在Jurkat细胞或FOXP3^KO T_REG中表达FOXP3蛋白，而经典转录本可高效翻译。

转录干扰现象

单分子荧光原位杂交（smFISH）和PrimeFlow技术揭示：

• 上游启动子活性与FOXP3蛋白水平呈负相关（UPA^pos细胞的FOXP3 MFI降低）。

• 初始T_REG中上游启动子活性显著高于记忆T_REG，且主要产生短链非编码RNA（占78%），仅22%为longFOXP3。

非腺苷酸化转录本的证据

Illumina RNA-seq显示上游启动子区域覆盖度高于DRS数据，提示存在大量未被poly(A)富集捕获的短链RNA，其丰度可能是longFOXP3的4倍。

讨论

研究首次系统描绘了人类FOXP3基因座的复杂转录图谱，提出上游启动子可能通过两种机制调控FOXP3表达：

1. 转录干扰：上游启动子的转录机器阻碍下游经典启动子的活性。

2. 非编码RNA调控：短链转录本可能通过竞争性结合调控因子或形成核内凝聚体抑制FOXP3表达。

意义与展望

该发现为理解T_REG功能可塑性提供了新视角：

• 上游启动子的T_REG特异性使其成为潜在的生物标志物或治疗靶点（如通过ASO调控）。

• 需进一步通过CRISPRi等技术验证TI机制，并解析非腺苷酸化转录本的功能。

（注：全文细节均基于原文实验数据，未添加主观推测。）