南非临床艰难梭菌分离株的表型与基因型耐药特征：揭示多重耐药风险与感染控制启示

南非研究人员针对艰难梭菌感染(CDI)治疗中抗菌药物耐药性(AMR)监测不足的问题，通过全基因组测序(WGS)和表型药敏试验(AST)分析43株临床分离株。发现ST1和ST37菌株携带PnimB6启动子突变和gyrA(Thr82Ile)等耐药基因，95%菌株对≥3类抗菌药物呈多重耐药(MDR)，qacG消毒剂耐药基因普遍存在。该研究为LMICs地区AMR防控提供了关键数据。

　　

抗菌药物耐药性(AMR)已成为全球公共卫生危机，世界卫生组织预测到2050年AMR相关死亡将超过癌症。在众多耐药病原体中，艰难梭菌(Clostridioides difficile)因其高复发率和医院传播风险备受关注。这种厌氧芽孢杆菌能引起从轻度腹泻到致命性伪膜性结肠炎的感染(CDI)，其流行株常通过获得耐药基因在抗菌药物压力下占据生态优势。然而在资源有限的低收入和中等收入国家(LMICs)，AMR监测体系薄弱，特别是南非这类HIV/TB高负担国家，免疫抑制患者广泛使用抗菌药物可能加剧耐药菌株传播。

针对这一科学问题，南非比勒陀利亚大学(University of Pretoria)医学微生物学系联合国家传染病研究所(NICD)的研究团队，对来自公立和私立医疗机构的43株临床艰难梭菌分离株展开深入研究。通过表型药敏和全基因组解析，首次系统描绘了南非地区艰难梭菌的耐药谱特征，相关成果发表在《European Journal of Clinical Microbiology》期刊。

研究采用两大关键技术：一是基于EUCAST标准的E-test法检测甲硝唑和万古霉素最低抑菌浓度(MIC)；二是Illumina NextSeq 2000平台进行全基因组测序(150bp双端测序)，通过CARD、ResFinder等数据库分析耐药基因。样本来源于2022年南非豪登省公立(n=21)和私立(n=22)实验室的残留粪便标本。

表型药敏特征
所有菌株对甲硝唑(MIC 0.032-0.75μg/mL)和万古霉素(MIC 0.19-0.75μg/mL)均敏感，与巴西、泰国等研究一致。值得注意的是，42%的ST1菌株携带PnimB⁶启动子突变——该变异与甲硝唑敏感性降低相关，但尚未导致临床耐药突破。

基因型耐药图谱
WGS揭示出惊人的耐药基因多样性：

1. 氟喹诺酮耐药：44%菌株存在gyrA(Thr82Ile)突变，其中95%为ST1谱系，印证该突变是流行株ST1的标志性特征
2. MLS_B耐药：ST37菌株通过Tn6194转座子获得ermB和tetM基因，形成五类抗菌药物耐药谱
3. 消毒剂耐药：所有菌株均携带qacG外排泵基因，提示医院消毒措施可能面临挑战
4. 移动遗传元件：65%菌株含Tn6105等11类MGEs，其中Tn6105与氨基糖苷耐药基因aac(6')-Ie-aph(2")-Ia共转移

谱系特异性耐药模式
ST1(Clade 2)和ST37(Clade 4)展现出典型耐药特征：

• ST1三联耐药：PnimB⁶+gyrA(Thr82Ile)+Tn6105
• ST37五重耐药：ermB+tetM+gyrA突变+MGEs
• 新型ST122虽未分类进化枝，但携带六类耐药基因，包括β-内酰胺酶CDD-1/2

研究团队在讨论中指出，虽然关键治疗药物(甲硝唑/万古霉素)仍有效，但95%菌株的多重耐药(MDR)现状值得警惕。特别是ST1和ST37作为国际公认的流行谱系，其耐药基因可能通过MGEs横向传播至其他肠道病原体。在南非HIV/TB高流行背景下，免疫抑制患者长期使用氟喹诺酮、克林霉素等药物，可能进一步选择出耐药克隆。

该研究的临床意义在于：首次证实南非艰难梭菌存在与欧美流行株相似的耐药进化路径，为LMICs地区AMR监测提供基线数据。研究者建议：(1)加强ST1/PnimB⁶突变株监测，(2)优化抗菌药物管理(AMS)策略，(3)评估qacG基因对消毒剂效果的影响。这些发现为制定区域特异性CDI防控指南提供了分子流行病学依据。