广州健康院构建综合性的新生RNA数据库

　　

近日，中国科学院广州生物医药与健康研究院鲍习琛团队在The Innovation Life发表了题为“NaRaDa: A comprehensive nascent RNA database”的文章，构建了综合性的新生RNA数据库NaRaDa（http://www.narada.bio）。

对基因组转录调控的动态解析是解读细胞命运和疾病发生机制的关键。传统RNA测序技术受限于高丰度稳态RNA，难以捕捉转录活动的即时变化。近年来，新生RNA测序技术的发展，为实时监测转录动态提供了关键工具。相较于传统RNA测序技术，新生RNA测序技术可以从三个层面提供转录调控信息，包括新生RNA即时表达情况，转录暂停情况以及非编码转录调控元件的活跃情况。

研究人员收集并整理了3664个新生RNA测序数据集，涵盖22个物种、415项研究，构建了新生RNA数据库，并提供样本质控信息，确保用户可筛选高质量数据集。NaRaDa还鉴定了558,574个来自不同物种的转录调控元件，用户既可以通过感兴趣的基因来探索，也可以通过筛选具有特定处理或实验条件的项目来获取其对应的调控元件。NaRaDa支持用户在线分析不同新生RNA数据集的转录调控变化，包括新生RNA表达差异、RNA聚合酶的暂停/释放转变以及转录调控元件的活跃程度变化。用户可以下载、利用这些信息，深入剖析基因和调控元件在各种情况下的转录动力学。

总的来说，这项研究构建了综合性的新生RNA数据库，为解析转录起始变化、RNA代谢动力学及基因调控网络提供了资源宝库。

广州健康院鲍习琛研究员为该论文的通讯作者，博士后麦志标、博士生李铎为共同第一作者。相关工作得到国家重点研发计划、国家自然科学基金委等项目的资助。

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图1?NaRaDa的整体框架