综述：利用下一代测序技术揭示有孔虫的进化与生态学奥秘：综述

《Biochemical Genetics》：Unravelling Evolutionary and Ecological Insights of Foraminifera by Using Next Generation Sequencing: A Review

下一代测序技术（NGS）革新了古虫生物学研究，揭示隐多样性、明确系统发育关系及解析适应机制，并拓展至壳形成、共生关系和环境压力响应的基因组学研究。当前研究涵盖现状、突破与未来方向，同时指出基因组组装复杂性和采样偏差等挑战。

　　

摘要

下一代测序（NGS）通过揭示隐藏的多样性、阐明系统发育关系以及阐明仅通过形态学研究无法获得的适应机制，极大地改变了我们对有孔虫生物学的理解。本综述探讨了NGS在揭示有孔虫奥秘方面的潜力。我们分析了当前的知识水平、近期取得的突破以及将NGS应用于有孔虫研究的未来方向。具体而言，本研究重点介绍了NGS如何增进我们对有孔虫分类学、其对环境变化的适应能力以及功能基因组学的理解。此外，该综述还探讨了NGS在阐明有孔虫壳体形成的遗传基础、共生关系及其对环境压力响应方面的潜力。同时，我们也讨论了与有孔虫NGS相关的挑战和局限性，如基因组组装的复杂性、种内异质性以及采样偏差等问题。总体而言，本综述旨在促进有孔虫基因组学的进一步研究和合作，从而加深对这些生态重要生物的认识及其对海洋生态系统和古环境的贡献。