单细胞长读长RNA测序技术CELLO-seq实现转座因子的高精度定位

研究人员开发了单细胞长读长RNA测序技术CELLO-seq，通过50nt长UMI和高PCR重复数校正测序错误，成功解决了转座因子(TEs)因序列高度相似导致的短读长测序定位模糊问题。该技术能精准定位年轻TEs及基因/TE亚型的表达，为单细胞水平研究TEs与基因互作提供了新工具。

　　

哺乳动物基因组中50%的序列由转座因子(Transposable Elements, TEs)构成，这些"跳跃基因"的表达调控与发育和疾病进程密切相关。传统短读长单细胞测序技术面对高度相似的TE序列时，往往会产生跨基因组的模糊定位。CELLO-seq技术突破性地结合了50核苷酸长度的独特分子标识(Unique Molecular Identifiers, UMIs)和高通量PCR重复策略，如同给每个RNA分子装上GPS定位器，使长读长测序数据能够精确对应到基因组上的特定TE位点。这项技术不仅能区分序列相似度极高的年轻转座因子，还能准确识别基因和TE的不同剪接亚型，为在单细胞分辨率下探索TE与宿主基因的"分子探戈"提供了全新研究范式。实验流程设计兼顾可操作性，具备分子生物学和转录组分析经验的研究人员可在1周内完成从细胞分离到定量的全流程。