南印度人群龋齿抗生素耐药基因谱的宏基因组学解析及其临床干预意义

本研究针对南印度人群龋齿中抗生素耐药基因(ARGs)的分布特征，采用Illumina NovaSeq平台进行宏基因组鸟枪法测序，通过AbritAMR和SqueezeMeta分析鉴定出55种ARGs（包括9种外排泵基因和8种β-内酰胺酶基因），揭示铜/汞耐药基因与假单胞菌属的显著关联，为口腔耐药防控提供分子流行病学依据。

　　

抗生素耐药性已成为全球公共卫生危机，口腔作为耐药基因的"储藏库"，其龋齿病灶中的微生物群落正通过水平基因转移加速耐药性传播。尤其在南印度地区，抗生素滥用与龋齿高发形成恶性循环，但传统培养法无法检测90%以上的不可培养菌株，导致耐药基因谱认知存在重大缺口。SRM科学技术研究院（印度）的研究团队在《Computers in Biology and Medicine》发表突破性研究，首次采用宏基因组鸟枪测序技术绘制南印度龋齿患者的耐药基因全景图。

研究人员从泰米尔纳德邦牙科医院获取24例龋齿样本，通过Illumina NovaSeq平台进行双端测序（150bp），采用MEGAHIT组装长contigs（N50达3,415bp），以90%相似度阈值运行AbritAMR鉴定ARGs，并基于Silva数据库完成物种注释。

【结果与讨论】

1. ARGs多样性：检出55种ARGs，其中四环素耐药基因tet(M)/tet(Q)/tet(32)占比最高（7.3%），外排泵基因acrB与β-内酰胺酶bla_TEM构成核心耐药组；
2. 金属耐药特征：14种金属耐药基因中，铜转运蛋白copA与汞还原酶merA的丰度超总ARGs的18%；
3. 菌群-ARG关联：假单胞菌属携带34%的ARGs，其基因组岛中bla_OXA-50与重金属耐药基因存在共定位现象。

该研究揭示龋齿病灶中存在"抗生素-重金属交叉耐药"的进化选择压力，其中铜耐药基因可能通过双组分调控系统激活外排泵表达。临床意义在于：①发现erm(B)基因在儿童龋齿中的富集提示大环内酯类用药风险；②提出汞合金填充物可能促进merA基因水平转移的新假说。研究建立的MEGAHIT-SqueezeMeta分析流程为不可培养口腔微生物研究提供标准化方案，其数据已整合至NCBI BioProject数据库（PRJNA887213）。