综述：宏基因组学在尿路感染诊断和治疗中的系统评价与荟萃分析

这篇综述推荐临床微生物实验室采用新型MALDI-TOF MS（基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱）光谱库SBSEC-CMRS-BAE v.1.0，该库在血琼脂需氧培养条件下对SBSEC（牛链球菌/马链球菌复合体）亚种的鉴定准确率达99%，显著优于商业库（65%）和脑心浸液肉汤基础库（97%），为感染性心内膜炎和结直肠癌相关菌种鉴别提供精准工具。

　　

Abstract
研究团队针对临床常规培养条件优化了MALDI-TOF MS光谱库，开发出SBSEC-CMRS-BAE（血琼脂需氧）和SBSEC-CMRS-CAN（巧克力琼脂厌氧）两个新型库。通过全基因组测序验证的119株临床分离株测试显示，新库对SBSEC亚种的鉴定准确率高达97-99%，尤其SBSEC-CMRS-BAE库在直接转移法和全提取法中实现100%准确率。

Introduction
SBSEC包含7个亚种，其中Sg gallolyticus（原名S. bovis biotype I）与感染性心内膜炎和结直肠癌强相关。现有商业MALDI-TOF MS库（如Bruker MBT Compass）对亚种鉴别能力有限（仅65%准确率）。团队前期开发的BHI肉汤基础库（SBSEC-CMRS v.1.0）虽达97%准确率，但未验证常规琼脂培养条件。

Methods
• 菌株来源：2003-2018年瑞典斯科讷地区血培养分离株，辅以标准菌株
• 培养条件：血琼脂（需氧+5% CO₂）和巧克力琼脂（厌氧）
• 样本处理：直接转移、靶上甲酸提取、乙醇-甲酸全提取三种方法
• 质谱分析：Microflex LT/SH仪器，FlexControl 3.4软件，m/z范围2000-20000 Da
• 数据库构建：精选53株代表菌株（每亚种最多10株），排除低质量MSP（主谱）

Results

1. Bruker商业库表现：

   • 总体亚种鉴定率仅65%，但能100%区分S. gallolyticus物种
   • Sg gallolyticus亚种鉴定率低至2%

2. 新型库性能：

   • SBSEC-CMRS-BAE库：血琼脂需氧+直接转移法100%准确
   • SBSEC-CMRS-CAN库：巧克力琼脂厌氧+全提取法98%准确
   • 两库联合使用未显著提升效果

3. 关键发现：

   • 培养条件匹配度影响结果：血琼脂库对厌氧培养菌株仍保持97%准确率
   • 提取方法差异影响小：直接转移法与复杂提取法效果相当

Discussion
研究首次证实基于临床常规琼脂培养的MALDI-TOF MS库可实现近乎完美的SBSEC亚种鉴别。值得注意的是：
• Sg gallolyticus无错误分类，这对心内膜炎风险分层至关重要
• 罕见亚种（如S. equinus）因临床样本不足需谨慎解读
• 直接转移法的优异表现简化了临床流程

Conclusions
推荐临床实验室优先采用SBSEC-CMRS-BAE库配合血琼脂需氧培养，其卓越性能已通过714次检测验证。该方案无需特殊培养条件，且与Bruker系统完全兼容，为SBSEC相关疾病的精准诊断提供新范式。