基于BSA-seq与RNA-seq联用技术解析脊尾白虾繁殖力性状的SNP标记及候选基因

为解决水产养殖中脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)繁殖力性状遗传标记匮乏的问题，研究人员采用新一代测序技术结合混池分离分析(BSA-seq)，通过F2群体鉴定出31,048,793个SNP和3,193个indel，锁定6个染色体候选区域（72.24 Mb）及609个基因。转录组分析揭示22个卵巢发育相关基因，其中 juvenile hormone esterase carboxylesterase等4个关键基因可能调控繁殖性状，并验证5个显著关联SNP位点。该研究为脊尾白虾分子育种提供了重要理论依据。

　　

在水产养殖领域，脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)的繁殖力性状直接关系到苗种商业化生产效益。为破解其遗传机制，科学家们巧妙地将新一代测序技术与混池分离分析(BSA-seq)联用，通过对F₂代群体的全基因组扫描，成功捕获31,048,793个单核苷酸多态性(SNP)和3,193个插入缺失标记(indel)。通过欧氏距离和ΔSNP-index双重校验，精确定位到分布在6号、14号等染色体的72.24兆碱基关键区域，涵盖609个功能基因。

京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析显示，这些基因富集于卵巢类固醇生成、卵母细胞减数分裂等生殖相关通路，更有胰岛素信号、促性腺激素释放激素(GnRH)信号等明星通路参与调控。结合四个卵巢发育时期的转录组数据，筛选出22个与卵巢发育密切关联的基因，其中 juvenile hormone esterase carboxylesterase（保幼激素酯酶）、aurora kinase A（极光激酶A）、insulin-like peptide receptor（胰岛素样肽受体）和Argonaute 3（Argonaute蛋白3）这"四剑客"展现出显著的调控潜力。

研究团队进一步采用一般线性模型验证了5个与繁殖力性状显著关联的SNP位点。这些发现不仅揭示了脊尾白虾繁殖性状的分子开关，更为分子标记辅助育种提供了精准的靶点库，有望推动水产养殖业的"精准育种"革命。