埃及HCV相关肝细胞癌患者cfDNA关键基因组标记的首次全面突变谱分析

本研究针对埃及高发的HCV相关肝细胞癌（HCC），通过NGS测序分析63例患者cfDNA中的2800个COSMIC突变，首次揭示HCV组与非HCV组差异突变谱（TP53、KIT等），发现HCV组突变负荷增加2.5-3倍，为靶向治疗提供新方向。

　　

肝细胞癌（HCC）是全球第六大高发癌症，而在埃及，其发病率高达癌症病例的47.17%，其中慢性丙型肝炎病毒（HCV）感染是主要诱因。尽管直接抗病毒药物（DAAs）的应用改善了HCV治疗效果，但HCV相关HCC的分子机制仍不明确。尤其值得注意的是，埃及正经历全球最严重的HCV流行，10-15%人口携带该病毒，其中70%会发展为慢性肝炎，15-30%在20年内进展为肝硬化，最终导致HCC。这种严峻的流行病学现状，加上HCV相关HCC与非HCV相关HCC在临床预后上的差异，使得阐明两者的分子差异成为当务之急。

针对这一科学问题，埃及国家肝脏研究所（National Liver Institute）的Mohamed Khalifa团队在《Journal of Genetic Engineering and Biotechnology》发表了一项开创性研究。研究人员采用创新的液体活检技术，通过分析循环游离肿瘤DNA（cftDNA）的突变特征，首次绘制了埃及HCC患者的全基因组突变图谱。研究采用配对样本策略，对63例埃及HCC患者（55%为HCV阳性）的2800个COSMIC突变进行靶向测序，结合生物信息学分析揭示了两组患者的突变差异。

关键技术方法包括：1）从63例埃及患者（35例HCV相关HCC，28例非HCV相关HCC）血浆分离cftDNA；2）使用AmpliSeq Cancer HotSpot Panel v2进行50个癌基因/抑癌基因的靶向测序；3）通过Strelka2和OpenCRAVAT进行突变注释和功能分析。

研究结果部分：

1. 突变谱差异：在检测到的381个体细胞突变中，HCV组（291个）突变数量显著高于非HCV组（91个）。两组共享TP53、ATM等5个高频突变基因，但HCV组特有KIT、PIK3CA等促癌通路基因。
2. 突变类型：95%为错义突变，其余为终止增益（0.024%）和移码插入（0.008%）等。
3. 通路分析：HCV组中KIT-RB1通路突变富集，而非HCV组以FGFR1-MET通路激活为主。

讨论部分指出，HCV感染使体细胞突变负荷增加2.5-3倍，这可能是埃及HCV相关HCC高死亡率的重要原因。特别值得注意的是，HCV组的KIT基因突变频率居首，该基因编码的酪氨酸激酶受体在肝星状细胞活化中起关键作用，提示病毒可能通过改变肿瘤微环境促进癌变。此外，TP53在两组均为高频突变基因，但其共突变模式在HCV组中更复杂，反映了病毒蛋白（如核心蛋白）对p53通路的干扰作用。

这项研究首次证实HCV感染通过直接（病毒蛋白作用）和间接（慢性炎症）机制增加基因组不稳定性，为埃及HCV相关HCC的早期诊断提供了cfDNA标志物（如KIT突变），并为开发针对PI3K/AKT等通路的靶向药物奠定基础。尽管存在样本量有限（63例）和靶向panel覆盖度不足的局限，但该研究为理解HCV致癌机制提供了埃及人群特异性数据，对全球HCC精准医疗具有重要参考价值。