智利养殖大西洋鲑鱼病原体——芬马克滕氏菌(Tenacibaculum finnmarkense)基因组测序及致病机制初探

来自智利的研究团队针对水产养殖中Tenacibaculum finnmarkense病原体基因组数据匮乏的问题，完成了LB-P5和P3-BQB菌株的全基因组测序。研究通过Illumina NextSeq 2000平台获得2×151 bp双端测序数据，经SPAdes 4.0.0组装获得2.75-2.80 Mb基因组草图，GC含量约31%，揭示了该菌株与溃疡基因型(ulcerans genomovar)98.6%以上的ANI同源性，为开发分子诊断工具和防控策略奠定基础。

　　

这项突破性研究首次揭示了智利养殖场大西洋鲑鱼(Salmo salar)病原体——芬马克滕氏菌(Tenacibaculum finnmarkense)的基因组奥秘。这种革兰氏阴性、需氧的黄色菌落形成菌，最早于2016年在挪威芬马克地区病鲑中发现，其分类学地位直到2020年才确立为包含finnmarkense和ulcerans两个基因型的独立物种。

研究团队从2017-2018年智利两个养殖场(南纬42°54′至45°01′)的鲑鱼皮肤病灶和鳃部分离出LB-P5和P3-BQB菌株。采用Marine Agar 2216培养基18°C培养后，通过Illumina NextSeq 2000平台进行高通量测序，配合严格的质控流程：FastQC 0.12.1评估数据质量，Geneious Prime 2024进行读段配对(插入片段350 bp)和修剪(质量值<30或长度<50 bp的读段被剔除)，BBNorm 38.84标准化覆盖深度。

基因组组装显示：LB-P5包含56个重叠群(contigs)，总长2,752,994 bp；P3-BQB含55个重叠群，2,800,552 bp。CheckM 1.2.2评估显示基因组完整性约80%，污染率2.36%-4.52%。值得注意的是，两个菌株与溃疡基因型参考菌株(NZ_OENE01000000)的平均核苷酸相似性(ANI)高达98.64%-98.75%，暗示其可能属于该致病亚型。

通过RAST 2.0和PGAP 6.9注释，LB-P5预测含2,403个基因(2,352个CDS)，P3-BQB含2,473个基因(2,416个CDS)。特别值得注意的是，研究未检测到质粒存在，这为后续毒力因子定位提供了重要线索。这些基因组数据如同打开潘多拉魔盒的钥匙，将助力开发新型分子诊断标记、疫苗靶点筛选和精准防控策略，为智利这个全球第二大鲑鱼生产国的水产养殖业保驾护航。