城市家猫样本宏基因组学揭示的病毒多样性及其人兽共患病监测意义

来自洛斯阿拉莫斯国家实验室的研究团队通过宏基因组学技术，对70份城市家猫拭子样本进行病毒组分析，成功获得猫α疱疹病毒1型和猫泡沫病毒(Foamy virus)的6个高质量基因组草案。该研究为监测人猫互传病原体提供了重要数据资源，对预防人兽共患病传播具有积极意义。

　　

家猫(Felis catus)作为人类亲密伴侣，已成为重要的人兽共患病传播媒介。研究团队从纽约梅里克动物诊所采集70份直肠和咽喉拭子样本(33只家猫)，运用Illumina NextSeq 500平台进行高通量测序，获得约5000万条151bp双端 reads。通过FaQCs v2.09质控、Bowtie2 v2.5.2宿主序列过滤后，使用MEGAHIT v1.2.9组装获得55.9万条contig。经geNomad v1.1.0和NCBI Viral RefSeq数据库双重注释，最终鉴定出32条非噬菌体病毒contig。

研究重点解析了两种猫科病毒：致病性的猫α疱疹病毒1型(Felid alphaherpesvirus 1)和非致病性猫泡沫病毒(Feline foamy virus, FFV)。其中从咽喉拭子获得的猫α疱疹病毒基因组(PV188038)与参考序列相似度达99.99%，覆盖度92.6%；5株FFV基因组相似度在94.4%-100%之间，最长达11.7kb。这些数据为理解城市家猫病毒组特征、预防人猫互传疾病提供了重要基线资料。

实验采用Qiagen QIAmp Viral RNA Mini Kit提取核酸，TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Globin Kit去除rRNA。通过EDGE Bioinformatics平台使用minimap2 v2.24进行序列比对，最终获得的共识基因组均满足>50%覆盖度和<50%模糊碱基的标准。该研究由洛斯阿拉莫斯国家实验室LDRD项目资助，所有数据已提交GenBank数据库。