纳米孔长读长测序解码多发性硬化症肠道菌群：揭示疾病严重程度与亚型特异性微生物特征

本研究针对多发性硬化症(MS)患者肠道菌群紊乱与疾病进展的关联问题，采用牛津纳米孔长读长测序技术，首次对埃及人群队列进行全16S rRNA基因分析。研究发现进行性MS患者富集促炎菌(如Enterococcus faecium)而缺乏短链脂肪酸(SCFA)产生菌，复发型MS则呈现免疫调节相关菌群失衡特征，为区域特异性微生物干预策略提供了新靶点。

　　

多发性硬化症(MS)作为一种累及中枢神经系统的自身免疫性疾病，正以每年3%的增长率成为青壮年致残的主要病因。传统研究多聚焦于西方人群，但近年埃及等中东地区MS发病率显著上升，暗示地域特异性因素可能通过"肠-脑轴"影响疾病进程。现有微生物组研究受限于短读长测序技术，难以精确识别物种水平特征，更缺乏对阿拉伯饮食文化背景下菌群功能的深入解析。

针对这一空白，埃及艾因夏姆斯大学（Ain Shams University）生物化学系的研究团队创新性采用牛津纳米孔技术，对33名埃及MS患者（含20例复发型RRMS和13例进行性PMS）及10名健康对照进行全16S rRNA基因测序。研究发现进行性MS患者肠道中促炎菌Enterococcus faecium激增980%，而神经保护性菌Faecalibacterium duncaniae减少85%，这种"促炎-抗炎"失衡通过K03488（超氧化物歧化酶）等通路加剧氧化应激；复发型MS则呈现独特的Blautia intestinalis（增加241%）与SCFA产生菌双向失调模式。该成果发表于《Molecular Neurobiology》，首次揭示了阿拉伯人群MS微生物标志物的地域特异性。

关键技术包括：1）基于SQK-16S024试剂盒的V1-V9全长16S扩增；2）MinION流动芯片48小时实时测序；3）PICRUSt2预测KEGG通路功能；4）采用DESeq2进行差异物种分析。样本来自开罗艾因夏姆斯大学医院神经科MS专科门诊，严格匹配年龄、BMI并排除抗生素使用史。

微生物多样性分析
通过α/β多样性指数发现：MS组物种丰富度增加但均匀度降低（P<0.001），NMDS显示疾病持续时间与菌群结构显著相关（PERMANOVA p=0.03）。进行性MS组Bray-Curtis差异度达5.65，反映晚期患者菌群生态崩溃。

物种水平特征
热图聚类揭示：健康组富含Roseburia faecis等SCFA生产者（z-score=1.32），而进行性MS组Romboutsia timonensis增加640%（P=0.004），且与PWY-5022（多胺合成）通路强相关。复发组Blautia obeum升高228%（P=0.02），但Faecalibacterium butyricigenerans显著缺失。

功能预测
PICRUSt2分析表明：进行性MS组K04564（ROS清除）和K00681（谷氨酸代谢）上调，对应神经元兴奋毒性；复发组K03305（DNA修复）异常提示基因组不稳定性。COLANSYN-PWY（粘蛋白降解）通路抑制可能加剧肠漏。

这项研究开创性地建立了阿拉伯人群MS微生物数据库，证实进行性MS的菌群特征更接近慢性炎症状态，而复发型MS呈现代谢-免疫双重失调。发现的地域特异性标志物如Clostridium saudiense（与EDSS评分正相关）为个性化菌群干预提供了靶点。未来可探索基于纳米孔测序的临床分型辅助诊断，以及针对SCFA产生菌的膳食补充疗法，这对医疗资源有限的中东地区尤具实践价值。