马来西亚首次大型全外显子组测序研究：489例罕见遗传病患者中53%诊断率的高效验证

为解决马来西亚罕见遗传病诊断资源匮乏（如缺乏染色体微阵列分析CMA和基因面板测试）导致多数患者长期未确诊的问题，槟城医院研究人员对489例疑似患者开展全外显子组测序（WES）主题研究。结果显示初始诊断率50%，再分析后达53%（95% CI: 49%-58%），检测到21例拷贝数变异（CNV）和9例双重诊断。该研究证实WES在资源有限地区的高效性，可替代传统方法缩短诊断旅程，支持联合国全民健康目标。

　　

罕见遗传病如同医学界的“谜题”，全球每1000名新生儿中就有40-82例发病，但许多患者深陷漫长的“诊断之旅”——从症状初现到确诊可能耗时数年，家庭承受巨大压力。在马来西亚，这一挑战尤为严峻：3400万人口中估计150-200万人（4-6%）受罕见病困扰，其中多数为遗传起源，但当地诊所仅能提供传统核型分析、脆性X检测或单基因测试，染色体微阵列分析（CMA）和基因面板测试因资源短缺无法常规开展。这导致患者长期未确诊，错失早期干预机会。

为了打破这一僵局，槟城医院遗传诊所的研究人员开展了一项开创性研究：针对489例疑似罕见遗传病患者实施全外显子组测序（WES），旨在评估其诊断效率。这项回顾性研究覆盖2020年8月至2021年12月，患者在临床遗传学家评估后接受仅先证者WES检测。结果显示，WES不仅大幅提升诊断率，还揭示了双重诊断和可干预的二次发现，为资源有限地区提供了高效解决方案。论文最终发表于《Rare》，突显其在全球罕见病管理中的标杆意义。

研究采用核心方法包括：收集489例患者（83%为儿科）的临床样本（全血或口腔拭子），由韩国单一参考实验室执行WES；使用Illumina NovaSeq 6000进行测序（150 bp双端读长），捕获约34 Mb编码区；通过BWA-MEM和GATK进行序列比对与变异调用，并依据ACMG/AMP指南分类变异（保留次要等位频率<5%的罕见变异）；表型数据转化为人类表型本体（HPO）术语以辅助变异解读；针对阴性病例进行自动化再分析（需患者同意）。

诊断率：489例患者中，初始诊断率为50%（243/489），通过再分析额外诊断17例（新增基因描述或VUS重分类），最终率达53%（260/489）。神经发育症状是最常见主诉，其中307个致病变异（含128个新发变异）被识别，以错义变异为主（142/307）。

变异类型与表型谱：WES检出21例拷贝数变异（CNV）（大小74.6 kb至34 Mb），并报告9例双重分子诊断，例如一例患者同时携带MASP1变异和12p染色体重复。患者表型以神经系统异常（如智力残疾116例、发育迟缓61例）和头颈部特征（111例）为主。

遗传模式与二次发现：确诊疾病中63.8%为常染色体显性（171/268），24.3%常染色体隐性（65/268），11.9%X连锁（32/268）。82%患者选择接收二次发现结果，其中5.5%（22/401）携带心血管病（64%）或癌症（27%）相关P/LP变异，如BRCA2和LDLR致病突变。

案例启示：四个典型案例突显应用价值。例1中，携带NTRK1双等位变异的婴儿在出现自残行为前获诊，实现早期干预；例2的11p缺失患儿通过WES发现WAGR综合征，及时监测出Wil