南亚与东南亚肺炎克雷伯菌基因组特征解析：毒力、耐药及传播机制研究

为解决肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)在亚洲地区毒力、耐药性及传播机制研究不足的问题，研究人员对南亚和东南亚463株菌株进行全基因组分析，揭示了ST147为优势序列型，blaNDM-1是主要碳青霉烯酶基因，并发现质粒复制子IncFII_1_pKP91与sul-5、blaCTX-M等耐药基因的共现关系。该研究为区域耐药防控提供了关键分子流行病学依据。

　　

肺炎克雷伯菌(K. pneumoniae)作为"超级细菌"的代表，其多重耐药(MDR)和超强毒力特征正引发全球公共卫生危机。尤其在医疗资源不均衡的南亚和东南亚地区，碳青霉烯类耐药菌株的扩散使临床治疗陷入"无药可用"的困境。更棘手的是，这类病原体通过质粒和移动遗传元件(MGE)快速传播耐药基因，形成复杂的"耐药-毒力"协同进化网络。然而，现有研究多聚焦欧美地区，亚洲菌株的基因组特征和传播规律仍如雾里看花。

英国伦敦卫生与热带医学院(LSHTM)联合多国团队在《International Journal of Medical Microbiology》发表突破性研究。研究人员收集南亚(巴基斯坦、孟加拉国、印度)和东南亚(缅甸、菲律宾等)463株临床分离株，运用全基因组测序(WGS)、多位点序列分型(MLST)、质粒重构等前沿技术，绘制出迄今最全面的亚洲肺炎克雷伯菌基因组图谱。

K. pneumoniae特征分析
核心发现是ST147成为跨区域优势型(16.63%)，越南ST15株系更呈现惊人占比(46.58%)。通过pan-genome分析揭示，东南亚菌株平均携带18个耐药基因，显著高于南亚菌株(15个)，其中缅甸株系耐药基因负荷最高(21.7个)。

毒力基因分布
yersiniabactin铁载体基因检出率高达61.56%，而超强毒力标志物rmpA/rmpA2仅见于3.24%的菌株。值得注意的是，所有孟加拉国分离株仅携带yersiniabactin，暗示该国可能存在独特的病原进化路径。

耐药基因谱
碳青霉烯酶基因bla_NDM-1以23.54%的检出率居首，东南亚菌株携带更丰富的耐药基因类别。引人关注的是，质粒复制子Col440I_1虽广泛存在(10-15.38%)，却未与任何耐药基因共现，打破既往认知。

质粒与MGE关联
通过创新性PCA聚类发现，IncFII_1_pKP91质粒与sul-5、bla_CTX-M等耐药基因存在强关联。主导性MGE元件ISSen9(检出率72.71%)与IncFIB(K)_1_Kpn3质粒形成稳定"基因快递"组合，可能是耐药扩散的关键载体。

传播动力学
基于10个SNP阈值的传输网络分析，揭示56个传播簇均严格遵循"同ST型+同地域"规律。但质粒谱聚类却打破地理界限，如包含印度、泰国株系的Cluster B，暗示质粒介导的跨区域基因流动。

这项研究首次系统阐明亚洲肺炎克雷伯菌的"三位一体"特征：ST147主导的克隆传播、bla_NDM-1驱动的耐药危机、以及IncFII质粒助推的基因水平转移。发现ISSen9-MGE的新型传播模块，为阻断耐药基因扩散提供精准靶点。更值得警惕的是，质粒介导的跨国界传播证据，呼吁建立亚洲耐药联防联控机制。该成果不仅填补区域研究空白，其创新的"质粒-基因组"双轨分析法更为全球耐药防控提供范式转移。