挪威云杉(Picea abies)木材性状跨世代基因组预测:基于独立验证的评估与育种策略优化

【字体: 时间:2025年07月22日 来源:BMC Genomics 3.5

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  本研究针对森林树木育种周期长、表型评价成本高的瓶颈,通过整合两代挪威云杉(Picea abies)在两种环境下的木材性状数据(包括密度、管胞特性等),首次系统评估了基因组选择(GS)在跨世代(G0母树→G1子代)和跨环境预测中的效能。研究发现GBLUP模型对高遗传力性状(如木材密度)的预测准确性(ACC)可达0.57,且单年轮直接测量法(SAD-GBLUP)与累积加权法(AWE-GBLUP)效果相当,为育种实践中低成本表型方案的可行性提供了实证依据。该成果发表于《BMC Genomics》,为针叶树多世代基因组育种体系的建立奠定了方法论基础。

  

森林树木育种面临着一个根本性矛盾:重要经济性状(如木材质量)往往需要数十年才能充分表达,而传统育种方法依赖于耗时耗力的表型评价。挪威云杉作为北欧最重要的商用针叶树种,其木材密度、管胞特性等指标直接影响纸浆质量和建筑用材价值,但现有育种体系面临选择周期长(>20年)、子代测试成本高等挑战。基因组选择(GS)技术通过全基因组标记预测育种值,理论上可大幅缩短育种周期,但现有研究多局限于单世代交叉验证,难以反映实际育种中跨世代重组和环境变异的影响。

瑞典农业科学大学(SLU)联合瑞典林业研究所(Skogforsk)等机构的研究团队,利用包含6,000余株挪威云杉(两代群体、两个试验点)的独特资源,首次对木材性状开展跨世代基因组预测的系统验证。研究整合了母树(G0)和子代(G1)的194,831个SNP标记及SilviScan高精度木材表型数据(包括年轮宽度、弹性模量MOE、微纤丝角MFA等),通过三种策略评估预测效能:正向预测(母树→子代)、反向预测(子代→母树)和跨环境预测。

关键技术包括:(1) 基于exome capture测序(平均深度15×)的基因型分析;(2) 径向木材性状的累积加权(AWE)与单年轮(SAD)测量法;(3) 基于VanRaden方法的基因组关系矩阵(G矩阵)构建;(4) 独立验证设计(训练集与验证集完全隔离)。

跨世代预测效能
研究发现木材密度相关性状(如晚材密度LWDENS,h2=0.57)的跨世代预测准确性显著高于生长性状(年轮宽度RWT,h2<0.1)。正向预测中,GBLUP对子代木材密度的预测能力(PA)达0.31,接近传统ABLUP模型(PA=0.46),表明即使训练集仅用母树数据,GS仍能有效捕获加性遗传效应。反向预测则显示,当训练集包含更多遗传多样性(如G1H子代群体),高遗传力性状的ACC可提升至0.75。

测量方法比较


图4数据表明,基于母树第12-18个年轮的SAD-GBLUP模型(模拟现场无损检测)与需破坏性取芯的AWE-GBLUP效果相当(PA峰值均约0.25)。这一发现为育种实践中采用Pilodyn等便携设备进行早期选择提供了理论支持。

讨论与展望
研究揭示了GS在针叶树育种中的特殊价值:(1) 基因组关系矩阵(G矩阵)能校正传统谱系中半同胞家系关系的偏差(图2显示实际基因组亲缘系数均值为0.26 vs. 理论值0.25);(2) 木材性状的年龄-年龄强相关性使得早期选择成为可能;(3) 需关注低遗传力性状中非加性效应的影响。未来需扩大训练群体规模、整合表观遗传因素,并建立考虑气候年际变异的生长-品质协同优化模型。

该研究为挪威云杉基因组育种提供了首个跨世代实证框架,其方法论对其它长周期林木育种具有普适性启示。通过验证低成本表型方案的可行性,将显著加速高附加值林产品的选育进程。

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