埃塞俄比亚第三次全国结核病耐药性调查：全基因组测序揭示耐药谱系与传播模式

本研究针对埃塞俄比亚结核病(DR-TB)防控需求，通过全国性横断面调查结合全基因组测序(WGS)技术，首次系统评估了利福平耐药(RR-TB)和异烟肼耐药(Hr-TB)流行特征。结果显示新发和复治病例中RR-TB患病率分别为1.07%和6.89%，同时发现4.15%新病例携带Hr-TB。研究为优化耐药结核诊断策略提供了关键分子流行病学证据。

　　

结核病(TB)至今仍是全球重大公共卫生威胁，而耐药结核病(DR-TB)的出现更让防控形势雪上加霜。世界卫生组织(WHO)最新数据显示，2023年全球约有40万例利福平耐药(RR-TB)或多药耐药(MDR-TB)病例，其中15.4%已进展为广泛耐药(XDR-TB)或准广泛耐药(pre-XDR-TB)。在埃塞俄比亚这个结核高负担国家，此前两次全国耐药调查(2003-2005年和2011-2013年)已发现MDR-TB患病率呈上升趋势，但受限于传统检测技术，始终无法获得精确的耐药谱系和传播特征。

为破解这一困局，埃塞俄比亚公共卫生研究所(Ethiopian Public Health Institute)联合世界卫生组织等国际机构，在2017-2019年开展了第三次全国耐药调查。这项开创性研究首次将全基因组测序(WGS)技术纳入常规监测，通过对217家医疗机构2276例菌阳肺结核患者的系统分析，绘制出该国最全面的结核耐药图谱。相关成果发表于《Open Forum Infectious Diseases》，为优化结核防控策略提供了分子流行病学基石。

研究团队采用多中心横断面设计，通过概率比例抽样从全国1237个集群中选取67个调查点。所有入组患者均接受Xpert MTB/RIF检测、表型药敏试验(pDST)和全基因组测序(WGS)三位一体的检测策略。特别值得注意的是，研究不仅涵盖常规一线药物(利福平、异烟肼、乙胺丁醇、吡嗪酰胺)，还通过WGS检测了氟喹诺酮类(FQs)、贝达喹啉等二线药物的耐药突变。生物信息学分析采用MTBseq流程，以H37Rv为参考基因组，通过单核苷酸多态性(SNP)分析揭示菌株传播链。

主要研究结果

耐药流行特征

调查显示，新发和复治病例中RR-TB患病率分别为1.07%(95%CI 0.65%-1.74%)和6.89%(95%CI 4.02%-11.57%)，与2011-2013年调查相比保持稳定。WGS技术意外检出5例被Xpert MTB/RIF或pDST漏诊的RR-TB病例，这些菌株携带rpoB Val170Phe等特殊突变。更值得警惕的是，异烟肼单耐药(Hr-TB)在新发病例中达4.15%，是RR-TB的3倍。

二线药物耐药格局

在38例RR-TB病例中，仅发现1例pre-XDR-TB(25岁复治患者)，未检出XDR-TB。但WGS在1例非RR-TB菌株中发现了Rv0678基因突变导致的贝达喹啉/氯法齐明交叉耐药，提示新型耐药突变可能已在敏感菌株中隐匿传播。

分子流行病学特征

谱系分析显示，80.9%菌株属于Euro-American 4.2.2亚型，18.3%为Delhi-CAS谱系(谱系3)。在5 SNP阈值下，总体近期传播指数(RTI)为9.8%，但RR-TB菌株的聚类率高达24.2%，表明耐药菌株具有更强的传播能力。地理分布显示，阿迪斯阿贝巴(5.2%)和索马里地区(4.6%)是RR-TB热点区域。

这项具有里程碑意义的研究首次通过WGS技术揭示了埃塞俄比亚结核耐药的分子本质。研究发现，虽然RR-TB总体流行率保持低位，但Hr-TB的高流行(4.15%)可能成为未来MDR-TB的"孵化器"。全基因组数据证实，rpoB Val170Phe等特殊突变会导致Xpert MTB/RIF假阴性，这一发现直接推动了该国诊断策略的优化——2023年起全面推广Xpert MTB/XDR检测以实现氟喹诺酮耐药快速筛查。

研究还建立了首个埃塞俄比亚结核菌株基因组数据库(PRJNA1104194)，为后续研究提供宝贵资源。特别是发现的ET1291新谱系和4.6.2亚型特征性tlyA Asn236Lys突变，为理解非洲之角结核传播提供了新视角。这些成果不仅指导埃塞俄比亚实施精准防控，也为其他高负担国家开展耐药监测树立了技术标杆。