巴基斯坦禽致病性大肠杆菌(APEC)全基因组解析：为防控家禽大肠杆菌病提供分子基础

来自巴基斯坦的研究团队针对禽致病性大肠杆菌(APEC)引发的家禽大肠杆菌病开展基因组学研究，通过PacBio Revio系统完成PE53(O109:H51)、PE136(O-:H5)和PE143(O36:H5)三株临床分离株的全基因组测序，揭示其携带IncFIA/IncHI2等质粒及aph(6)-Id、blaTEM-1B等耐药基因，为发展中国家APEC防控提供重要分子流行病学数据。

　　

在巴基斯坦潮湿的亚热带地区，三只因系统性大肠杆菌病死亡的3周龄肉鸡成为重要研究对象。它们的肝脏和脾脏组织中分离出的禽致病性大肠杆菌(APEC)菌株，经过精密的长读长测序技术揭开了神秘面纱。

科研人员采用PacBio Revio测序平台，配合seqWell公司的LongPlex技术，成功绘制出PE53、PE136和PE143三株菌的完整基因组图谱。这些直径约5兆碱基的环形染色体上，不仅密集排列着4000多个编码基因，还暗藏玄机——检测到ΦShigel_Sfll等6种完整噬菌体序列，暗示病毒DNA可能已与细菌基因组发生深度融合。

更引人注目的是这些菌株携带的"武器库"：PE53菌株染色体上聚集着aph(3'')-Ib、bla_TEM-1B等6种耐药基因，像小型军火库般赋予其对磺胺类、四环素等多种抗生素的抵抗能力。质粒分析则发现IncHI2型质粒上竟携带mcr-1.1基因，这个被称为"最后防线"的多粘菌素耐药基因的现身令人警醒。

通过PubMLST数据库比对，这些菌株分别属于ST156、ST3871和ST206型，血清型分析则显示它们分别属于O109:H51、O-:H5和O36:H5型。特别值得注意的是PE136菌株的"隐身"特性——其O抗原基因簇完全缺失，这种伪装可能帮助它逃避免疫系统的识别。

这些发现不仅为理解APEC的致病机制打开新窗口，更重要的是为巴基斯坦等发展中国家的家禽疾病防控提供了分子水平的决策依据。测序数据已存入欧洲核苷酸档案库(ENA)，等待全球科研人员进一步挖掘。