新型溴苯基三氮杂环己烷的合成、结构表征及抗菌机制研究:基于分子对接与Hirshfeld表面分析的探索

【字体: 时间:2025年07月23日 来源:Journal of Molecular Structure 4.0

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  为应对日益严峻的抗生素耐药性问题,研究人员设计合成了1,3,5-三(对溴苯基)-1,3,5-三氮杂环己烷(产率79.4%),通过FT-IR/NMR/UV-Vis/X射线单晶衍射(P21/c空间群)等多技术表征,结合Hirshfeld表面分析揭示C?Br(26.3%)和H?H(25.9%)关键分子作用力。分子对接显示其对大肠杆菌(6F86,-30.64 kJ/mol)和金黄色葡萄球菌(6LKI,-31.14 kJ/mol)的结合力优于阿莫西林,ADMET预测显示其具有成为新型抗菌剂的潜力。

  

随着全球抗生素耐药性危机加剧,大肠杆菌(Escherichia coli)和金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)等病原体对现有药物的耐药性逐年攀升。传统抗生素如阿莫西林(amoxicillin)的临床疗效持续下降,开发具有新型作用机制的抗菌分子迫在眉睫。氮杂环化合物因其独特的电子结构和生物活性,成为药物研发的重要靶点,其中1,3,5-三氮杂环己烷衍生物因其刚性骨架和可修饰性备受关注。

研究人员通过曼尼希反应(Mannich reaction)成功合成1,3,5-三(对溴苯基)-1,3,5-三氮杂环己烷,产率达79.4%。采用傅里叶变换红外光谱(FT-IR)观察到3033 cm-1处芳香C-H伸缩振动及2937 cm-1处亚甲基不对称伸缩振动;核磁共振(NMR)与紫外-可见光谱(UV-Vis)进一步验证结构。单晶X射线衍射揭示其属于单斜晶系P21/c空间群,晶胞参数a=8.5495(11) ?,β=99.491(9)°,体积2005.9(5) ?3

Hirshfeld表面分析
通过三维分子表面拓扑分析,发现晶体堆积主要受C?Br(26.3%)和H?H(25.9%)相互作用驱动,溴原子的范德华半径在分子识别中起关键作用。与二氯甲烷溶剂化物的对比显示,标题化合物具有更丰富的卤键网络。

分子对接研究
针对大肠杆菌二氢叶酸还原酶(PDB:6F86)和金黄色葡萄球菌转肽酶(PDB:6LKI)的对接显示,标题化合物结合自由能(-30.64 kJ/mol和-31.14 kJ/mol)显著优于阿莫西林对照组(-23.7 kJ/mol和-25.96 kJ/mol),其溴苯基与靶点蛋白的疏水口袋形成稳定相互作用。

ADMET性质预测
计算机模拟显示该化合物具有理想的膜渗透性(Caco-2预测值>5×10-6 cm/s),但水溶性较差(LogS=-6.3),这与疏水性溴苯基团相关。细胞色素P450酶代谢风险评估提示其可能需结构优化以提高代谢稳定性。

这项发表于《Journal of Molecular Structure》的研究,通过多尺度表征技术揭示了溴取代三氮杂环己烷的构效关系,其优于标准抗生素的结合能力为开发抗耐药菌药物提供了新思路。后续需通过体外抑菌实验(MIC测定)和毒性研究验证其实际应用价值。

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