巴西圣保罗州多家医院碳青霉烯类耐药鲍曼不动杆菌克隆复合体2型的暴发流行及基因组特征研究

这篇研究报道了COVID-19大流行期间巴西圣保罗州16家医院暴发的碳青霉烯类耐药鲍曼不动杆菌（CRAB）克隆复合体2型（CC2）的传播特征。通过全基因组测序和药敏分析，揭示该克隆携带blaOXA-23和armA等耐药基因，呈现泛耐药表型（仅对多黏菌素B敏感），其KL7荚膜位点可能增强免疫逃逸能力。研究首次证实CC2在南美的快速传播与院内感染控制缺陷相关，为耐药菌防控提供关键分子流行病学证据。

　　

ABSTRACT

研究聚焦巴西医疗机构中暴发的碳青霉烯类耐药鲍曼不动杆菌（CRAB）克隆复合体2型（CC2）。传统上南美流行CC1/15/25/79克隆，但2020年首次从COVID-19医院检出CC2后，该克隆迅速扩散至15家机构。对89株分离株的全基因组测序显示，所有菌株均携带bla_OXA-23（位于Tn₂₀₀₆转座子）和armA（位于AbGRI3耐药岛），导致对β-内酰胺类、氨基糖苷类等9类抗菌药物耐药，仅多黏菌素B保持活性。单核苷酸多态性（SNP）分析揭示菌株间最大差异仅755个SNP，提示克隆快速传播而非独立进化。

INTRODUCTION

CRAB被WHO列为重点耐药病原体，在拉丁美洲的碳青霉烯类耐药率高达85%。COVID-19期间，意大利和美国CRAB感染分别增长5.5倍和78%，巴西圣保罗某医院2020年CRAB相关医院感染暴增108%。本研究首次系统描述CC2克隆在巴西的暴发特征，该克隆通常携带KL7荚膜基因，可能通过legionaminic酸合成增强致病性。

MATERIALS AND METHODS

研究纳入2020-2021年圣保罗州10个城市的661株CRAB，通过多重PCR鉴定CC2占33.3%（220株）。随机选取89株进行：

1. 药敏试验：采用EUCAST标准，检测包括多黏菌素B（微量肉汤稀释法）等12种药物；
2. 基因组分析：Illumina短读长+PacBio长读长测序，通过ResFinder和CARD数据库鉴定耐药基因；
3. 进化分析：基于核心基因组SNP构建系统发育树，比较巴西与国际分离株（如中国SAMN14943625）的遗传差异。

RESULTS

耐药谱：所有CC2菌株对碳青霉烯类、喹诺酮类等10类药物全耐药，仅多黏菌素B的MIC₅₀/MIC₉₀为0.5/1.0 mg/L。30.3%菌株对米诺环素中介。
基因组特征：

• 100%携带bla_OXA-23（双拷贝）和gyrA S81L/parC S84L突变；
• 95.5%含armA（介导氨基糖苷类耐药）和sul1；
• AbGRI1-1岛携带strA/strB/tetB，AbGRI3岛含armA-mph(E)-msr(E)基因簇；
• KL7/OCL1荚膜型占比100%。
  进化分析：87株形成紧密簇（Cluster A），另2株（229_21/230_21）形成独立分支（Cluster B），与葡萄牙、加拿大菌株亲缘更近。

DISCUSSION

研究揭示CC2克隆在巴西的传播呈现两大特点：

1. 耐药基因富集：bla_OXA-23+armA组合导致泛耐药，与南美传统克隆（如CC79）相比治疗选择更受限；
2. 传播动力学：低SNP差异（≤104）提示大流行期间患者转移或防护不足加速传播。KL7荚膜可能通过模拟宿主糖分子逃避免疫清除，这与国际报道的CC2高毒力特征一致。

结论

本研究首次证实CRAB CC2:ST218:KL7克隆在巴西的暴发流行，其携带Tn₂₀₀₆-bla_OXA-23和AbGRI3-armA等耐药元件，可能取代本土克隆成为主导谱系。结果强调在资源有限地区加强基因组监测和感染控制的紧迫性。