冰岛Kaldá河源Weissella soli菌株3-88完整基因组测序及其外多糖合成通路解析

来自中丹中心的研究人员通过牛津纳米孔测序技术，完成了冰岛Kaldá河分离的Weissella soli 3-88菌株全基因组测序。研究通过平均核苷酸一致性(ANI)分析确认其分类地位，并鉴定出Wzx-Wzy通路介导的外多糖(EPS)合成基因簇，为乳酸菌生物合成机制研究提供了新数据。

在冰岛Eldborg火山口附近的Kaldá河（坐标64°46′43.2″N 22°18′06.1″W）水域中，科学家们分离出一株具有工业应用潜力的乳酸菌——土壤魏斯氏菌(Weissella soli)3-88。通过微需氧蜡烛罐法培养后，研究者采用牛津纳米孔PromethION 2 Solo平台（R10.4.1流动槽）完成基因组测序，获得1,678,388 bp的环状染色体，GC含量43.9%，包含1,592个编码基因和6套核糖体RNA操纵子。

基因组分析揭示了该菌株携带典型的外多糖合成基因簇（位于1,377,492–1,391,637 bp区域），通过Wzx-Wzy途径合成异聚多糖——这是乳酸菌中常见却罕见于魏斯氏菌属的合成通路。跨膜结构域预测显示其含有类似乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)KLDS 4.0325的CpsBC调控蛋白，但未检测到混淆魏斯氏菌(W. confusa)LBAE C39-2的葡聚糖蔗糖酶同源基因。

分类学鉴定采用TYGS和GTDBtk双系统，通过平均核苷酸一致性(ANI)热图可视化分析，证实该菌株与已知土壤魏斯氏菌的遗传相似度超过99%。研究数据已存入NCBI数据库（登录号CP186084），为探索极端环境微生物的代谢潜能提供了重要参考。

（注：实验过程涉及Hybracter组装、dnaapler染色体定向等生物信息学方法，并特别说明未使用可能降低准确性的medaka抛光步骤）