美国威斯康星州阔叶植物根系中分离的Leptodophora属真菌基因组资源解析及其次级代谢潜能

来自美国威斯康星州的研究团队通过PacBio HiFi长读长与Illumina短读长测序技术，对一株从阔叶植物根系分离的Leptodophora sp.真菌（TYLB-001）进行全基因组测序。该基因组包含21个contigs（75.14 Mb，GC含量45.53%），编码19,447个蛋白质（BUSCO完整性98.4%），并预测出55个次级代谢基因簇，可能合成alternapyrone、6-甲基水杨酸等毒素，为植物-微生物互作机制研究提供重要资源。

　　

在威斯康星州斯普纳地区的阔叶植物根系中，研究者分离出一株纯培养真菌TYLB-001，经ITS序列比对鉴定为Leptodophora属（原属Cadophora）。这类暗色隔膜内生菌(Dark Septate Endophytes, DSE)以非致病方式定殖植物根系，参与营养吸收、胁迫响应及病原防御等过程。

通过液氮研磨结合氯仿:异戊醇(24:1)抽提获得高质量DNA，采用PacBio Sequel II平台生成324,971条HiFi reads（N50=15,785 bp），结合Illumina短读长数据（20,796,372条双端读长），经HiFiasm v.0.19.9-r616组装和Pilon抛光，最终获得75.14 Mb的基因组（21个contigs，N50=5.88 Mb）。Funannotate预测出19,447个蛋白质编码基因，tRNAscan-SE鉴定到完整tRNA基因。

引人注目的是，antiSMASH分析揭示55个次级代谢基因簇，包括可能产生植物毒性化合物alternapyrone、6-甲基水杨酸(6-methylsalicylic acid)和fusarin的合成通路。该基因组资源为探索真菌-植物共生机制及天然产物开发提供了新线索，完整分析流程已发布于Protocols.io平台。研究由澳大利亚Loam Bio公司和美国Keck Graduate Institute资助，部分支持来自NIH NIAID项目3R01AI169543。