肾上皮样血管平滑肌脂肪瘤与良性亚型的基因组特征及分子进化轨迹研究

本研究针对肾血管平滑肌脂肪瘤(AML)中恶性潜能亚型上皮样AML(eAML)的分子机制不明确问题，通过全外显子测序(WES)分析35例AML样本（含15例eAML），发现TSC2突变率达69%，鉴定出TSC2/POLDIP2/NEFH/MUC2等驱动基因及亚型特异性突变，揭示eAML与良性亚型存在共同祖细胞克隆，证实TSC2/POLDIP2低表达与Everolimus疗效正相关，为eAML精准诊疗提供分子标志物。

　　

肾血管平滑肌脂肪瘤（AML）作为最常见的肾脏良性间叶性肿瘤，其恶性亚型上皮样AML（eAML）却表现出侵袭性行为和转移潜能，成为临床诊治的难点。尽管已知TSC1/TSC2突变通过mTORC1通路驱动AML发生，但导致eAML恶性转化的关键分子事件仍不明确。这种认知缺口严重制约了eAML的风险分层和靶向治疗策略的开发。

为解决这一难题，复旦大学附属肿瘤医院的研究团队开展了迄今为止最全面的AML基因组学研究。通过对35例AML样本（包括15例eAML、10例脂肪瘤型AML和10例肌瘤型AML）进行全外显子测序分析，结合71例FFPE样本验证，首次系统揭示了eAML与良性亚型的分子差异和进化关系。这项发表于《Neoplasia》的研究不仅鉴定了关键驱动基因，还建立了与预后和治疗反应相关的分子标志物体系。

研究采用全外显子测序（WES）技术对肿瘤-正常配对样本进行基因组分析，通过OncodriveCLUST和MutSigCV算法鉴定驱动基因，利用FACETS和GISTIC2.0分析拷贝数变异，并运用PyClone-vi构建克隆进化模型。在独立验证队列中，通过免疫组化评估候选基因表达与临床结局的关联。

患者特征和AML突变图谱
研究发现TSC2是AML中最常见的突变基因（69%），携带包括错义突变、剪接位点突变等13种变异类型。与TCGA泛癌数据集相比，AML呈现显著较低的肿瘤突变负荷（TMB中位数0.69/Mb），且TMB与肿瘤异质性呈负相关。

AML的基因组改变
GISTIC2.0分析鉴定出57个显著臂水平拷贝数变异，其中11p11.11缺失在肌瘤型AML中发生率高达100%，而6p22.1缺失在eAML中占75%，提示亚型特异性基因组脆弱性。功能富集分析显示突变基因主要参与中间纤维结构和细胞粘附等通路。

驱动基因鉴定
OncodriveCLUST分析确定TSC2、POLDIP2、NEFH和MUC2为核心驱动基因。值得注意的是，RHPN2和ASXL1在eAML和脂肪瘤型AML中富集，而TOP3B仅存在于肌瘤型AML，USP35则为eAML特有，揭示亚型特异的分子特征。

克隆进化分析
配对样本进化树显示eAML与良性亚型共享TSC2和NEFH等早期驱动突变，但后期获得不同亚型特异性突变，支持"共同祖先-平行进化"模型。例如某患者eAML和肌瘤型AML均携带FLG2/HDAC2突变，但仅eAML存在POLDIP2突变。

驱动基因验证与临床意义
在71例eAML验证队列中，TSC2和POLDIP2在肿瘤组织中过表达，而NEFH和MUC2显著下调。生存分析显示TSC2/POLDIP2低表达患者总生存期延长，且对mTOR抑制剂Everolimus的客观缓解率提高32.3%。相反，NEFH/MUC2高表达预示更好预后。

讨论部分强调，该研究首次描绘了AML亚型的分子进化轨迹，证实TSC2失活是AML发生的早期事件，而POLDIP2等基因的获得性改变可能驱动eAML恶性转化。发现的11p11.11等染色体缺失为亚型鉴别提供分子依据。特别重要的是，TSC2/POLDIP2表达水平可预测Everolimus疗效，这对临床决策具有直接指导价值。

这项研究通过整合基因组学与临床数据，建立了AML的分子分型框架，不仅深化了对疾病发生机制的理解，更为eAML的精准诊疗提供了可转化的生物标志物。未来需要扩大样本验证这些发现，并探索靶向POLDIP等新型驱动基因的治疗策略。