机器学习驱动的A-STEP模型:突破NSCLC免疫治疗个体化决策的临床转化瓶颈

【字体: 时间:2025年07月25日 来源:Nature Communications 14.7

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  本研究针对转移性非小细胞肺癌(NSCLC)免疫治疗选择困境,开发了基于多中心临床基因组数据的机器学习模型A-STEP(Attention-based Scoring for Treatment Effect Prediction)。通过整合28个基因组和6个临床特征,该模型可预测患者从免疫单药(ICI-Mono)或免疫联合化疗(ICI-Chemo)中的个体化获益,在外部验证中使2年无进展生存率提升40%(HR=0.60-0.58),为突破PD-L1等单一生物标志物的局限性提供了创新解决方案。

  

在转移性非小细胞肺癌(NSCLC)治疗领域,免疫检查点抑制剂(ICIs)的应用已彻底改变了临床实践。然而随着治疗选择的增加,一个关键难题日益凸显:如何为个体患者选择最佳方案——是单独使用免疫治疗(ICI-Mono),还是免疫联合化疗(ICI-Chemo)?现有PD-L1等单一生物标志物预测效果有限,而两种方案的随机对照数据缺乏,临床决策如同"盲人摸象"。更复杂的是,肿瘤-免疫轴的生物学特性决定了治疗反应可能受到多因素非线性影响,传统统计方法难以捕捉这种复杂性。

美国德克萨斯大学MD安德森癌症中心(The University of Texas MD Anderson Cancer Center)的研究团队联合梅奥诊所、Dana-Farber癌症研究所等机构,开发了名为A-STEP(基于注意力的治疗效果预测评分系统)的机器学习模型。这项发表在《Nature Communications》的研究,通过整合来自4个队列2,300例患者的临床基因组数据,建立了首个能预测化疗增敏效应的个体化决策工具。

研究团队运用五大关键技术:1)多中心数据整合(MDACC、Mayo、SU2C、DFCI四队列);2)倾向评分匹配消除回顾性研究偏倚;3)五种子模型加权算法(包括线性模型、广义加性模型等);4)注意力机制融合模型(A-STEP);5)SHAP值解析特征贡献度。通过30次重复交叉验证,最终模型锁定34个关键特征(28个基因组+6个临床)。

临床和分子特征分析
研究纳入的2,300例患者经匹配后形成996例分析样本,发现TP53(55%)、KRAS(35%)和CDKN2A(15%)是最常见突变基因。值得注意的是,ICI-Chemo组更多用于一线治疗(77.6% vs 58.1%),而PD-L1表达在各组间分布均衡(表1)。

模型开发与验证
A-STEP通过注意力机制整合五个子模型,在发现队列中使3个月进展风险降低13-23%,外部验证队列降低16-19%(表3)。相比单独模型,集成模型在预测一致性(图2)和稳定性方面表现更优,其中FBXW7、APC突变和吸烟史是最重要预测因子。

临床转化价值
模型推荐50%以上患者改变原治疗方案(图3),在遵循建议的患者中,2年无进展生存显著改善:发现队列ICI-Mono组HR=0.76(p=0.048),ICI-Chemo组HR=0.63(p<0.001);验证队列分别达HR=0.60和0.58(图3c-d)。特别值得注意的是,符合建议的ICI-Chemo组患者中位生存延长4-5个月。

机制探索
SHAP分析(图5)揭示FBXW7和MYC突变预示化疗获益,而APC和NTRK突变患者更适合单药治疗。这种多特征交互模式解释了为何单变量分析无法获得预测效能(Supplementary Fig.15)。

这项研究开创性地将机器学习应用于免疫治疗决策场景,其价值体现在三方面:首先,A-STEP模型突破了传统生物标志物的"单维度"局限,通过整合临床基因组特征实现真正的个体化预测;其次,研究证实化疗的增敏效应存在明确分子基础,为理解免疫-化疗协同机制提供线索;最后,模型推荐的方案改变可使半数患者临床获益,这对优化医疗资源配置具有重要意义。未来需要在前瞻性临床试验中验证这一工具,并探索将转录组、影像组等多组学数据纳入模型升级,进一步推动精准免疫治疗的发展。

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