基因组流行病学与抗菌药物耐药性：揭示人类病原体Corynebacterium macclintockiae在jeikeium复合体中的主导地位

这篇研究通过全基因组测序和药敏分析，揭示了临床鉴定为Corynebacterium jeikeium的感染菌株中，77.3%实为新近描述的Corynebacterium macclintockiae。该物种表现出多重耐药性（MDR），但对替考拉宁等抗MRSA药物敏感。研究结合全球基因组数据，首次证实C. macclintockiae是jeikeium复合体（含C. jeikeium sensu stricto、C. evansiae）中人类感染的主要病原物种，为临床精准诊疗提供了分子依据。

　　

ABSTRACT
研究团队通过单中心6例感染病例和八中心33例血流感染菌株的全基因组测序分析，结合全球公共数据库66株菌株数据，发现传统质谱鉴定为Corynebacterium jeikeium的临床分离株中，97%实为Corynebacterium macclintockiae。该物种呈现β-内酰胺酶基因bla_Coryne-A（89.5%）、四环素耐药基因tet(W)（42.1%）和erm(X)的高携带率，导致对β-内酰胺类、氟喹诺酮类普遍耐药。值得注意的是，所有菌株对万古霉素、替考拉宁等抗MRSA药物保持敏感，且tet(W)阴性菌株对四环素类药物敏感。

IMPORTANCE
随着基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）的普及，棒状杆菌属（Corynebacterium spp.）的临床重要性日益凸显。本研究首次系统揭示C. macclintockiae作为jeikeium复合体的优势病原物种，可引起人工关节感染、导管相关血流感染等侵袭性疾病。核心基因组单核苷酸多态性（SNP）分析发现4个高相似度克隆簇，其中3组存在院内传播证据，提示需加强医院感染控制。

INTRODUCTION
非白喉棒状杆菌曾被认为低致病性，但C. jeikeium和C. striatum已成为血流感染的重要病原。本研究聚焦于MALDI-TOF MS鉴定技术普及背景下，jeikeium复合体（含C. jeikeium sensu stricto、C. macclintockiae和C. evansiae）的基因组特征与治疗空白。现有GenBank数据中jeikeium复合体基因组仅23条，远少于其他病原体。

MATERIALS AND METHODS
研究纳入日本9家医院的39株临床分离株（6株来自单中心详细病例，33株来自八中心血流感染），采用Illumina MiSeq进行全基因组测序，以平均核苷酸一致性（ANI≥95%）为物种鉴定标准。药敏试验参照CLSI M45-ED3指南，通过ResFinder鉴定耐药基因。使用Oxford Nanopore MinION完成代表性菌株TUM24530的全基因组测序，基于核心基因组SNP分析克隆传播。

RESULTS
单中心6例感染包括人工关节感染（1例）、椎体骨髓炎（1例）和腹腔感染（3例），患者均存在实体肿瘤和手术史。基因组重鉴定显示所有菌株均为C. macclintockiae（ANI 97.4%-97.9%）。八中心研究中32/33株血流感染菌株被纠正为C. macclintockiae，剩余1株为C. evansiae。

药敏特征显示：

• 携带bla_Coryne-A的菌株对青霉素MIC>64 μg/mL
• tet(W)阳性菌株对四环素MIC中位数32 μg/mL，显著高于阴性菌株（0.5 μg/mL）
• 所有菌株对万古霉素（MIC₅₀ 1 μg/mL）、替考拉宁（MIC₅₀ 0.5 μg/mL）敏感

核心基因组SNP分析发现：

• 医院B的3株菌SNP差异仅9-42个，符合克隆传播特征
• 跨医院传播的克隆簇4携带bla_Coryne-A+tet(W)+erm(X)多重耐药谱

全球基因组数据分析显示：

• 公共数据库27株jeikeium复合体中，18株（66.7%）实为C. macclintockiae
• 法国历史菌株25850/59614的rpoB序列分析支持其属于C. macclintockiae

DISCUSSION
本研究首次确立C. macclintockiae在jeikeium复合体感染中的主导地位。质谱技术的局限性导致该物种长期被误鉴定为C. jeikeium，这可能影响既往流行病学数据解读。替考拉宁展现优异体外活性，可作为万古霉素替代选择；而四环素类药物对tet(W)阴性菌株的敏感性，为长期口服治疗提供可能。研究局限性包括临床样本量较小和SNP阈值需进一步验证。未来需通过长读长测序解析耐药基因水平转移机制，并明确C. macclintockiae的生态位和传播动力学。