LuIII 与 H-1 细小病毒唾液酸结合位点的结构解析及其溶瘤靶向应用价值研究

【字体: 时间:2025年07月25日 来源:Journal of Virology 4.0

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  本文聚焦溶瘤原细小病毒的靶向机制,明确 LuIII、H-1PV 与 MVMp 均依赖 α2-3 连接唾液酸(SIA)作为受体,通过冷冻电镜(cryo-EM)解析了 LuIII 和 H-1PV 与糖受体的复合物结构,发现其共享独特结合位点且与 MVMp 不重叠。该研究为优化溶瘤病毒靶向效率提供了关键结构基础。

  

文章内容归纳总结


摘要


溶瘤原细小病毒,包括 LuIII、H-1 细小病毒(H-1PV)和小鼠微小病毒原型株(MVMp),能够靶向并破坏癌细胞。宿主细胞靶向主要基于病毒对初级受体的识别与相互作用。此前研究表明,MVMp 和 H-1PV 可结合唾液酸(SIA)这一初级糖受体。本研究探讨 LuIII 是否也利用类似糖分子进行宿主细胞附着。糖阵列分析证实,α2-3 连接的 SIA 是三种病毒细胞结合的共同受体需求,并识别出三种特定聚糖。通过冷冻电镜(cryo-EM)解析了 LuIII 和 H-1PV 与糖复合物的结构,分辨率达 2.57-2.88?。结果显示,LuIII 和 H-1PV 在二十面体二重轴附近共享一个唾液酸识别口袋,该口袋邻近但不重叠于已知的 MVMp 唾液酸结合位点。主要衣壳蛋白(VP2)的结构差异集中在这些糖结合口袋周围,这一结构表型可能导致不同啮齿类原细小病毒的肿瘤杀伤效率差异。本研究为优化溶瘤病毒靶向效率的衣壳工程改造提供了理论基础。

引言


细小病毒科(Parvoviridae)是一类小型单链 DNA 病毒,其线性基因组包裹在无包膜的 T=1 二十面体衣壳中。在原细小病毒属(Protoparvovirus)中,部分病毒虽以小鼠和其他啮齿类为自然宿主,却对人类肿瘤具有内在溶瘤活性,包括 LuIII、H-1PV 和 MVMp,且对人类无致病性。这些病毒可自主复制,但依赖 S 期宿主辅因子进行病毒 DNA 合成、转录和翻译。癌细胞中上调的多种蛋白有助于调控病毒基因表达,因此溶瘤原细小病毒优先感染转化细胞或肿瘤来源细胞,诱导凋亡并激活抗肿瘤免疫。

原细小病毒基因组约 5.2kb,编码三种非结构蛋白(NS1、NS2、SAT)和两种衣壳蛋白(VP1、VP2)。60 个 VP1 和 VP2 以约 1:10 的比例自组装成 T=1 衣壳,含基因组的颗粒中 VP2 的 N 端被切割产生 VP3,形成 VP1:VP2:VP3 约 1:1:10 的比例。VP1 的 N 端前 142 个残基(VP1u)含磷脂酶 A2(PLA2)结构域,对感染性至关重要,但结构研究仅可视化了 VP2(约从残基 38 开始),其余 N 端因柔性或构象多样未被解析。MVMp、H-1PV 和 LuIII 的衣壳结构具有动物原细小病毒的共同特征,包括五重轴通道、三重轴突起、二重轴凹陷及围绕五重通道的峡谷,且 2/5 壁将二重轴凹陷与邻近五重峡谷分隔。VP2 的核心衣壳结构保守(含 α 螺旋和八链反平行 jelly-roll 基序),但表面可变区(VRs)的序列和结构多样性决定了抗体结合位点、受体结合位点及病毒嗜性。

MVMp 和 H-1PV 通过识别含负电荷末端唾液酸(SIA)的受体启动细胞结合,但多数病毒(包括 H-1PV、猪细小病毒(PPV)、犬细小病毒(CPV)、猫泛白细胞减少症病毒(FPV))的衣壳结合残基尚不明确,目前仅 MVM 和 CPV 的受体结合位点通过突变验证得以完全定位。MVMp 和免疫抑制株(MVMi)均识别 α2-3 连接的唾液酸,尤其是人类细胞中常见的 N - 乙酰神经氨酸(Neu5Ac)。H-1PV 的细胞识别和溶瘤作用与层粘连蛋白 γ1 的唾液酸依赖机制相关,而 MVMp 的唾液酸结合于二重轴凹陷的空腔中。VP2 残基的差异影响 MVM 的毒力、嗜性和宿主范围,H-1PV 中同源残基的替换表明细胞结合受特定氨基酸调控,但 LuIII 的糖受体识别及 H-1PV 与唾液酸相互作用的精确衣壳位点仍不明确。

细胞表面的糖受体由碳水化合物通过 α 或 β 糖苷键连接形成,唾液酸的 N - 乙酰基、羟基等功能基团修饰增加了复杂性。糖表达谱因物种、细胞类型及疾病(如癌症)而异。鉴于 LuIII、H-1PV 和 MVMp 具有相似的红细胞凝集能力且常感染相同细胞类型,且 MVMp 的唾液酸结合口袋残基高度保守,推测三者可能利用相同或相似受体。本研究通过糖阵列筛选和体外细胞结合实验,结合冷冻电镜解析 LuIII 和 H-1PV 与特定糖的复合物结构,揭示了它们与 MVM 不同的糖受体结合位点。

结果


  1. 糖阵列筛选表征 LuIII 和 H-1PV 的糖识别特性
    采用 Consortium for Functional Glycomics(CFG)阵列(Version 4.1)对 LuIII 衣壳进行筛选,在 465 种糖中识别出 6 种目标糖,相对荧光单位(RFU)在 600-1750 之间,与其他细小病毒的糖结合信号一致。LuIII 优先结合含 α2-3 连接唾液酸(3'SIA)的线性表位,包括 s (LN)2(Glycan 293)、s(LN)3(Glycan 256),其中含唾液酸 Lewisx(s(Lex))基序的 Neu5Acα2-3Galβ1-4 (Fucα1-3) GlcNAc(Glycan 253)信号最强。s (Lex) 是 s (LN) 的岩藻糖修饰形式,在癌细胞中上调。LuIII 还识别含 GalNAc 或 Glc 修饰的唾液酸化基序,但不识别 α2-6 连接唾液酸(6'SIA)、多唾液酸化 Neu5Acα2-8Neu5Ac 基序,且 Gal 和 GlcNAc 的硫酸化会抑制结合。

H-1PV 采用 CFG 阵列(Version 3.1)筛选,在 377 种糖中识别出 5 种结合目标,同样优先识别 s (Lex) 和 s (LN) 基序,其中 s (Lex)3(Glycan 227)信号最强(RFU=5574)。H-1PV 结合的糖均含至少一个 3'SIA(除 Glycan 122 含 6'SIA 外),且不结合多唾液酸化链或末端为 Gal、Fuc 等的糖链。

  1. LuIII、H-1PV 和 MVM 共享唾液酸受体
    为直接比较结合偏好,在含 23 种糖(包括 7 种末端唾液酸的非分支糖)的同一阵列中筛选三种病毒。结果显示,LuIII 和 H-1PV 识别所有末端 3' 唾液酸化糖,而 MVM 仅识别其中两种;仅 LuIII 和 H-1PV 识别含 s (Lex) 基序的 Glycan 7。与 CFG 阵列结果不同,三种病毒均识别多种 6' 唾液酸化糖,且 LuIII 和 H-1PV 结合多唾液酸化 GD2(Glycan 173)。此外,MVM 结合合成肝素 I 和天然肝素 XIV,而 LuIII 和 H-1PV 不识别任何肝素,H-1PV 还检测到与艾杜糖醛酸单糖的相互作用。

流式细胞术实验显示,荧光标记的 LuIII、H-1PV 和 MVM 衣壳可特异性结合表达末端唾液酸的 Pro-5 中国仓鼠卵巢(CHO)细胞,而不结合末端为半乳糖(Gal)的 Lec-2 细胞或末端为 N - 乙酰葡糖胺(GlcNAc)的 Lec-8 细胞,证实唾液酸是三者的共同受体。

  1. 唾液酸结合于 LuIII 衣壳的二十面体二重轴壁
    将 LuIII 衣壳与 s (LN)3或 s (Lex)2复合后进行冷冻电镜分析,分别基于 56,731 和 38,079 个衣壳颗粒,获得分辨率为 2.66? 和 2.88? 的结构。与未结合状态的 LuIII 结构(PDB ID: 6B9Q)相比,复合物在三重轴突起底部的浅腔中出现额外密度,该区域位于二重轴凹陷和 2/5 壁周围。s (LN)3的 3'SIA 密度在 2.0σ contour 水平清晰可见,后续半乳糖(Gal)和 GlcNAc 密度在 1.5σ 和 1.0σ 水平可见,远端糖链无明显密度故未建模。

LuIII 与唾液酸的相互作用包括 C1 羧酸盐与 R375 的盐桥,以及与 R394、T396 的多个氢键。PDBePISA 分析显示,13 个残基部分或完全被配体掩埋,主要位于单个 VP 单体中(R375、Y378 等),总掩埋表面积(BSA)约 200?2,半乳糖和 GlcNAc 贡献约 20?2。结合与未结合状态的 LuIII 结构叠加,Cα 根均方偏差(RMSD)为 0.35?,仅可变区 II(VRII,残基 158-164)和部分侧链构象有微小变化,与糖结合区域无关。

  1. H-1PV 与 LuIII 共享唾液酸识别口袋
    H-1PV 衣壳与 s (Lex)2复合后的冷冻电镜结构分辨率为 2.57?,未结合状态为 2.59?。与 X 射线晶体结构(PDB ID: 4G0R)相比,冷冻电镜结构的 DE 环 apex 构象偏移达 4.5?,N 端额外解析 3 个氨基酸,HI 环(残基 518-524)侧链构象差异显著(局部 RMSD 达 1.06?),部分组氨酸残基(如 65、86 等)因密度清晰得以明确建模。

H-1PV-s(Lex)2复合物在与 LuIII 相同的位置(二重轴凹陷和 2/5 壁周围)出现额外密度,末端唾液酸和连接的半乳糖在 1.1σ 水平可见,后续 GlcNAc 在 0.8σ 以下可见,分支岩藻糖及远端糖链无密度未建模。H-1PV 与唾液酸的相互作用包括 C1 羧酸盐与 R381 的盐桥,以及与 R381、R401、T403 的氢键,E400 还与唾液酸 C4 羟基形成潜在氢键。12 个残基部分或完全被糖掩埋,总 BSA 约 180?2(唾液酸)和 30?2(半乳糖)。

讨论


唾液酸结合能力在细小病毒衣壳中普遍存在,目前已在细小病毒亚科三个属的 16 种病毒中发现,包括原细小病毒属的 MVM、CPV、H-1PV、LuIII 等。唾液酸广泛存在于脊椎动物细胞膜,常位于 N - 糖链、O - 糖链和鞘糖脂的末端分支,其中 s (Lex) 和 s (LN) 等特定唾液酸化糖在转移性癌症中上调,与不良预后相关。LuIII、H-1PV 和 MVM 对这些糖的识别能力,解释了它们对胶质瘤、黑色素瘤等肿瘤的高效靶向性。

糖阵列结果显示三者均识别 α2-3 连接唾液酸,但 H-1PV 在筛选中也识别 α2-6 连接唾液酸,阵列间差异可能源于糖固定的柔性连接臂不同。α2-3 和 α2-6 连接唾液酸的识别差异可能影响病毒对疾病进展阶段的靶向,如胶质瘤或黑色素瘤。

结构分析表明,LuIII 和 H-1PV 在三重轴基部和 2/5 壁附近共享一个唾液酸结合位点,而 MVM 的结合位点位于约 9? 外的二重轴凹陷中,三者的结合位点由 2/5 壁残基差异决定。LuIII 和 H-1PV 的结合残基(如 LuIII 的 R375/R394/T396 与 H-1PV 的 R381/R401/T403)高度保守,但周边残基(如 LuIII 的 V575 与 H-1PV 的 D581)的疏水性和电荷差异可能影响结合动力学,导致 H-1PV 在糖阵列中信号更强。

MVM 的唾液酸结合位点独立于 LuIII 和 H-1PV,但三者均结合多种 α2-3 唾液酸化糖,表明原细小病毒的唾液酸结合能力经多次进化产生,类似腺相关病毒(AAV)的多个唾液酸结合位点。犬细小病毒(CPV)的唾液酸结合残基(R377、E396、R397)与 LuIII/H-1PV 的同源残基功能相似,但周围可变区结构差异可能导致糖链构象不同。

总结与结论


本研究阐明了原细小病毒属另外两个成员的糖受体识别机制。LuIII 对 s (Lex) 和 s (LN) 的结合能力解释了其对胶质瘤和黑色素瘤的高效靶向性;H-1PV 可穿过血脑屏障靶向胶质瘤,这在临床试验中已得到证实。三者均通过 α2-3 连接唾液酸结合,但结合位点不同,原细小病毒的唾液酸相互作用依赖保守残基(如 LuIII/H-1PV 的 R375/R381、R394/R401、T396/T403),周边可变区结构差异导致结合效率和嗜性不同。本研究为基于结构的溶瘤病毒衣壳改造提供了关键靶点,有望推动高效肿瘤靶向溶瘤疗法的开发。<|FCResponseEnd|>

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