宿主特异性驱动OsHV-1病毒遗传分化的系统基因组学证据：太平洋牡蛎与欧洲平牡蛎感染的比较研究

本研究针对牡蛎疱疹病毒1型（OsHV-1）在多宿主系统中的进化难题，通过高通量测序技术解析了其感染太平洋牡蛎（Magallana gigas）和欧洲平牡蛎（Ostrea edulis）的40个基因组。研究发现宿主物种显著影响病毒遗传结构，证实了跨物种传播后的谱系分化，并揭示了与宿主互作、复制相关的基因适应性选择信号，为海洋生态系统宿主-病毒共进化研究提供了新范式。

　　

在海洋双壳类养殖业中，牡蛎疱疹病毒1型（OsHV-1）引发的疫情造成严重经济损失，但其宿主适应机制长期未明。随着太平洋牡蛎（Magallana gigas）的全球引种和欧洲平牡蛎（Ostrea edulis）的种群衰退，病毒在不同宿主间的传播风险与进化轨迹成为关键科学问题。法国农业食品与环境研究院（INRAE）的研究团队在《Infection, Genetics and Evolution》发表的研究，通过比较基因组学与群体遗传学方法，揭示了宿主驱动下的病毒分化机制。

研究人员采用Illumina高通量测序平台对40个OsHV-1分离株（17株来自M. gigas，23株来自O. edulis）进行全基因组测序，结合祖先序列重建和选择压力分析。通过MAFFT多序列比对、Gubbins重组检测和RAiSD选择信号扫描等技术，系统评估了宿主屏障对病毒进化的影响。

研究结果显示：

1. 基因组结构变异：鉴定出6种宿主相关的基因组构型，其中O. edulis毒株存在4 kb的TR_L区倒位和11个大片段缺失，而M. gigas毒株呈现μVar特异性缺失（如U_L区3550 bp缺失）。
2. 宿主特异性分化：系统发育分析将毒株分为两大宿主特异性分支（平均基因组相似性仅91-94%），Nei's G_ST值达0.745，ORF 32/54/59等膜蛋白基因显示强烈选择信号（μ-statistic>8）。
3. 跨物种传播事件：分子钟模型推断1998-2004年间发生单次从M. gigas到O. edulis的跨宿主传播，随后形成独立进化谱系。
4. 群体动态差异：M. gigas病毒有效群体大小（Ne）在μVar出现后扩张，而O. edulis病毒Ne持续下降，反映宿主生态差异。

该研究首次证实OsHV-1在双壳类宿主间存在显著的遗传隔离，为理解海洋病毒宿主跳跃的分子屏障提供了理论框架。发现的选择信号集中在病毒膜蛋白（如ORF 68）和DNA包装蛋白（ORF 109），提示这些区域可能是宿主适应的关键靶点。研究建议在牡蛎混养区加强病毒监测，并为Malacoherpesviridae科的分类修订提供了基因组依据。