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为明晰 Akkermansia 属物种多样性及宿主关联，研究人员开展全面系统分类分析，结合 ANI 与 BSC 揭示该属含至少 31 个生物物种，13 种存在于人类，非人与非鼠动物贡献主要多样性。成果为理解其宿主健康效应及益生菌研究奠定基础。
在人体肠道中，有一种名为 Akkermansia muciniphila 的黏液降解细菌，因与人类健康存在诸多有益关联而备受关注。然而，越来越多的证据表明，Akkermansia 属并非仅含这一种细菌，其包含多个物种，这些物种在表型特征及与人类特征的关联上存在差异。此前研究多聚焦于人类和小鼠来源的菌株，对非人类宿主中该属的多样性缺乏系统分析，这限制了对其与宿主健康关联的深入理解。
来自意大利 IRCCS E. MEDEA 科学研究所（Scientific Institute IRCCS E. MEDEA）的研究人员针对这一问题开展了研究，通过对大量 Akkermansia 基因组的分析，揭示了该属丰富的物种多样性及跨宿主分布特征，相关成果发表在《Biology Direct》上。这一研究为深入探究 Akkermansia 属与宿主健康的关系提供了重要的分类学基础，也为后续的益生菌研发等应用研究指明了方向。
研究人员主要采用了以下关键技术方法：从 BV-BRC 数据库获取 “良好” 质量的 Akkermansia 基因组，经筛选后保留 1626 个菌株的基因组；利用平均核苷酸同一性（ANI）分析进行物种划分；基于生物学物种概念，通过 PopCOGenT 工具分析基因流以界定生物物种；借助 PPanGGOLiN 识别 accessory 基因；对核心基因进行系统发育分析，包括邻接网络构建和主成分分析（PCA）；利用 STRUCTURE 软件分析 A. muciniphila 的种群结构。样本来源于人类、小鼠及多种其他动物。
Akkermansia 属包含至少 31 个生物物种
研究人员通过 ANI 分析和基于生物学物种概念（BSC）的 PopCOGenT 工具分析，发现 Akkermansia 属至少包含 31 个生物物种。其中，ANI 分析以 96% 的同一性为阈值，结合 Genome Taxonomy Database toolkit 对 120 个保守基因的分类，识别出 5 个常见物种，包括 A. muciniphila（AmI）、A. ignis（AmV）等。去除这 5 个常见物种后，进一步分析发现了其他已知物种及新的候选物种，且 PopCOGenT 分析在不同样本量下均稳定检测到 31 个生态单位，证实了这一结果的可靠性。
物种多样性与宿主关联特征
核心基因组的系统发育分析显示，A. muciniphila 与 A. ignis 亲缘关系较近，A. massiliensis 与 AmIII、A. biwaensis 与 A. sp004167605 也分别存在较近关联。PCA 分析表明，核心基因组的差异主要将常见物种与 uncommon 物种区分开。宿主方面，人类和啮齿类来源的序列分布于所有常见物种集群，而其他动物来源的细菌则显著贡献了 uncommon 物种的多样性。人类肠道中可检测到至少 13 种 Akkermansia 物种，兔子、考拉等动物也携带多种该属物种。
Accessory 基因内容与基因组大小相关
通过对 accessory 基因的 PCA 分析发现，物种间的 accessory 基因差异主要反映基因组大小。A. biwaensis、A. massiliensis 和 A. sp004167605 基因组较大，而 A. muciniphila 和 A. ignis 基因组较小，且保留了前者部分 accessory 基因内容。分析未发现 accessory 基因与宿主关联或饮食存在特异性关联，这表明基因组大小是影响该属 accessory 基因组成的主要因素。
A. muciniphila 的种群结构存在宿主特异性
对 A. muciniphila 种群结构的分析显示，人类来源的基因组可明确区分出 AmIa 和 AmIb 两个系统发育群，且存在不同程度的混合。而小鼠来源的基因组中，除部分属于 AmIa 和 AmIb 外，还存在小鼠特异性的种群，这些种群的基因混合程度较低。非人类非小鼠动物的 A. muciniphila 基因组多属于 AmIa 系统发育群，表明 A. muciniphila 的种群结构具有宿主特异性。
研究结论与讨论部分强调，该研究明确了 Akkermansia 属丰富的物种多样性，揭示了其跨宿主分布特征，且物种间的差异与基因组大小相关，A. muciniphila 存在宿主特异性种群结构。这一成果提示，在实验研究中需考虑 Akkermansia 属的遗传多样性，不同物种或菌株可能具有不同的生物学特性及对宿主的影响。同时，研究也指出当前对该属多样性的认识仍不完整，需进一步扩大测序范围，这对于深入理解其生态功能及与人类健康的关联具有重要意义，也为后续的临床应用和益生菌开发提供了关键的理论依据。
