综述:广谱冠状病毒疫苗:应对病毒多样性的整合策略

【字体: 时间:2025年07月25日 来源:Expert Review of Vaccines 5.5

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  本文综述广谱冠状病毒疫苗研发进展,聚焦 β 冠状病毒(Betacoronavirus)防控,探讨保守序列、嵌合抗原等设计策略,强调 AI 与结构生物学整合的重要性,为应对病毒多样性及未来疫情提供关键参考。

  

1. 引言


冠状病毒是有包膜的正链单链 RNA 病毒,主要通过呼吸道飞沫、气溶胶和接触传播,具有显著的人畜共患病潜力。目前已确认 8 种可感染人类的冠状病毒,其中 OC43、HKU1、SARS-CoV、MERS-CoV 和 SARS-CoV-2 属于 β 冠状病毒(Betacoronavirus),其余 3 种属于 α 冠状病毒(Alphacoronavirus)。

21 世纪初,SARS-CoV、MERS-CoV 和 SARS-CoV-2 这三种致病性 β 冠状病毒相继引发公共卫生紧急事件。SARS-CoV-2 的全球持续传播导致大量死亡,对公共卫生和社会经济造成严重破坏。未来冠状病毒疫情风险仍存,包括已知病原体复燃、动物冠状病毒 zoonotic 传播及新型重组病毒出现。

广谱冠状病毒疫苗,尤其是泛冠状病毒疫苗,是应对已知和未知冠状病毒风险的重要武器。泛冠状病毒疫苗按保护范围可分为泛变异株(针对所有 SARS-CoV-2 变异株)、泛 Sarbecovirus、泛 β 冠状病毒和泛冠状病毒(针对所有人类冠状病毒)。WHO 强烈主张加快研发泛冠状病毒疫苗,以应对未来来源不明的冠状病毒大流行。

2. 冠状病毒的结构与感染机制


冠状病毒通常呈不规则球形,直径约 60-220 nm,病毒包膜包含刺突(S)、包膜(E)和膜(M)蛋白,内部基因组由核衣壳(N)蛋白包裹。S 糖蛋白是病毒入侵的关键介导者,分为负责受体结合的 S1 亚基(含受体结合域 RBD)和介导膜融合的 S2 亚基,决定病毒嗜性和致病潜力。

目前已知四种主要宿主细胞受体介导人类冠状病毒入侵:人血管紧张素转换酶 2(hACE2)、人氨肽酶 N(hAPN)、二肽基肽酶 4(DPP4)和 9-O - 乙酰化唾液酸(9-O-Ac-Sia)。不同冠状病毒对受体有特异性:SARS-CoV、SARS-CoV-2 和 NL63 利用 ACE2;229E 利用 APN;MERS-CoV 利用 DPP4;OC43 和 HKU1 利用 9-O-Ac-Sia。

3. 冠状病毒免疫反应的保守性分析


3.1 保守的 T 细胞免疫反应


研究发现未暴露于 SARS-CoV-2 的人群中存在对其的预存 T 细胞免疫,可能源于既往普通感冒冠状病毒(如 OC43、229E 等)感染。例如,40-60% 未暴露个体检测到 SARS-CoV-2 反应性 CD4+T 细胞,SARS 幸存者感染 17 年后仍保留针对 SARS-CoV N 蛋白的记忆 T 细胞,且与 SARS-CoV-2 存在交叉反应。

T 细胞免疫对 SARS-CoV-2 变异株具有较强耐受性,多数 T 细胞表位在变异株中保守。 ancestral 株感染者对 Omicron 的 CD4+和 CD8+T 细胞交叉识别效率分别为 84% 和 70%,BNT162b2 疫苗接种者对 B.1.1.529 的交叉识别率达 91%(CD4+)和 92%(CD8+)。mRNA 和腺病毒载体疫苗均可诱导广泛的 T 细胞反应,且 T 细胞反应比抗体反应更持久。

3.2 抗体交叉识别与病毒免疫逃逸


S 蛋白的 RBD 是中和抗体的主要靶点,但易突变且保守性低。SARS-CoV-2 与 SARS-CoV 的 S 蛋白同源性约 75%,但两者感染个体的血清抗体交叉中和活性低;与 MERS-CoV 同源性仅 35%,交叉结合活性可忽略。普通感冒冠状病毒感染者血清中针对 SARS-CoV-2 的结合抗体水平极低。

Omicron 变异株因 S 蛋白大量突变显著逃逸疫苗或感染诱导的中和抗体,原始株疫苗对其引发的有症状疾病保护有限。而突破性感染可增强对多种变异株的交叉中和能力,同源或异源加强接种也能显著提升针对多种变异株的抗体反应。

4. 广谱冠状病毒疫苗的设计方法


4.1 保守序列


对于泛变异株、泛 Sarbecovirus 等较窄谱疫苗,可选择关键靶蛋白的相对保守序列作为抗原。S2 亚基在序列和结构上比 RBD 更保守,小鼠免疫研究显示 S2 免疫可诱导对 SARS-CoV-2 变异株更广泛的中和抗体反应,并引发与 OC43 的交叉反应免疫。

T 细胞表位在不同 SARS-CoV-2 变异株中分布广泛且高度保守,不同冠状病毒间也存在交叉反应性 T 细胞免疫。N 蛋白因高保守性成为诱导广谱 T 细胞免疫的理想靶点。通过生物信息学设计多表位 T 细胞疫苗是研究热点,如 GRT-R910 疫苗编码预融合稳定 S 蛋白和保守 T 细胞表位,PeptiVax 疫苗基于跨冠状病毒保守区域的非刺突 CD8+T 细胞表位制备。

4.2 嵌合抗原设计


借助生物信息学算法和临床数据库,可从系统发育角度设计与输入序列相似度最大化的抗原序列。中国国家疫苗和血清研究所(NVSI)开发的 NVSI-06-08 疫苗,由 SARS-CoV-2 野生型、Beta 和 Kappa 变异株的 RBD 组成异源三聚体,在动物模型中增强了对 Beta 和 Delta 变异株的中和抗体反应。

剑桥大学的 DIOSynVax 平台基于冠状病毒 RBD 序列设计的共识抗原 T2_17,诱导的交叉反应中和抗体对 Delta、Omicron 及多种 Sarbecovirus 有效。将不同 Sarbecovirus 的 RBD、NTD 和 S2 结构域融合到单一嵌合 mRNA 疫苗中,可提供对多种 Sarbecovirus 的保护。

4.3 蛋白纳米颗粒(NP)抗原


纳米颗粒平台可在表面展示多个抗原表位,模拟天然病毒颗粒,促进 B 细胞受体交联及树突细胞对 antigen 的摄取和呈递。基于铁蛋白的球形 NP 疫苗展示 SARS-CoV-2 RBD 或 S 蛋白,已显示出对变异株的强效抗体反应。

研究人员通过 SpyCatcher 介导的 conjugation 技术,构建展示异源 RBD 的铁蛋白基纳米颗粒疫苗,在小鼠中诱导对包括 SARS-CoV-2 和 SARS-CoV 在内的多种 β 冠状病毒的交叉中和免疫。基于 lumazine synthase(LuS)支架的嵌合 NP 可诱导针对不同 Sarbecovirus 谱系保守表位的优势抗体反应。

4.4 实现广谱保护的免疫策略


序贯接种或混合接种含异源冠状病毒抗原的疫苗,可诱导针对多种病毒的体液和细胞免疫。序贯接种通过反复抗原切换增强对初始抗原保守表位的免疫反应;对 S 蛋白序列差异大的远缘冠状病毒,初免 - 加强策略同时接种抗原可激活针对多种病毒的免疫谱。

研究显示,针对 SARS-CoV-2 Delta、SARS-CoV 和 MERS-CoV 的 mRNA 疫苗,同时或序贯接种可有效诱导涵盖多种病毒的广谱免疫反应;嵌合 mRNA 疫苗的序贯或混合接种能引发更广泛的泛 Sarbecovirus 中和抗体反应。

5. 专家观点


短期内优先开发针对 β 冠状病毒的疫苗可提供实用解决方案,长期成功则依赖 AI 与结构生物学整合进行精准工程设计。未来需注重持久免疫、黏膜策略及对病毒多样性的适应性,计算、免疫和病毒学领域的跨学科合作对实现冠状病毒普遍保护至关重要。

下一代广谱冠状病毒疫苗设计的主要原则包括:保守序列筛选以诱导交叉反应免疫;借助生物信息学和 AI 进行计算引导的抗原设计;基于纳米颗粒的抗原呈递;采用序贯或混合免疫策略优化交叉保护免疫反应。新型佐剂的应用可增强交叉反应免疫和延长免疫记忆,黏膜免疫是泛冠状病毒疫苗研究的重点方向。

尽管广谱冠状病毒疫苗在动物模型中显示出初步有效性,但仍面临挑战。冠状病毒通过结构性受限的漂移进化,保留关键刺突蛋白表位,使较窄谱的泛冠状病毒疫苗在理论上可行。需关注疫苗的耐久性,持续研究病毒进化特征和免疫反应机制,为开发广谱且持久的泛冠状病毒疫苗奠定基础。

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