油菜基因组结构变异图谱构建及其与农艺性状关联研究揭示SV的育种潜力

为解决油菜基因组结构变异(SV)功能鉴定和利用不足的问题，研究人员通过整合基因组组装、SV图谱构建和全基因组关联分析(GWAS)，成功构建了包含183,723个SV的油菜(Brassica napus)SV图谱，鉴定出与种子硫苷含量(SGC)、角果长度等4个农艺性状相关的SV位点，发现来自甘蓝(B. oleracea)的SV可能导致茎秆紫色性状。该研究为揭示SV功能及育种潜力奠定基础。

　　

作为全球最重要的油料作物之一，甘蓝型油菜(Brassica napus L.)基因组蕴含着丰富的结构变异(Structural Variation, SV)，然而这些SV的功能鉴定和利用仍十分有限。最新研究取得突破性进展：首先完成了两个油菜品种(4D122和5DH2900)的高质量基因组组装，其组装质量显著优于常用参考基因组ZS11。

研究团队利用25个代表性油菜品种的长读长测序数据，构建了包含183,723个SV的精确定位和序列信息的油菜SV图谱。更令人振奋的是，通过整合18个白菜(B. rapa)和26个甘蓝(B. oleracea)的长读长数据，还成功绘制了芸薹属A和C亚基因组的SV图谱。基于此，研究人员利用平均测序深度达25×的重测序数据，建立了包含350个油菜品种的SV数据集。

通过SV-GWAS和SNP-GWAS的联合分析，研究揭示了与种子硫苷含量(Seed Glucosinolate Concentrations, SGC)、角果长度、叶片毛状体和茎秆紫色等4个重要农艺性状相关的遗传位点。特别值得关注的是，发现来自甘蓝的SV可能是导致油菜茎秆紫色的关键因素。这项研究不仅提供了丰富的油菜基因组资源，更系统解析了SV与农艺性状的关联，为深入挖掘SV功能和育种价值开辟了新途径。